火縄銃から携帯電話、着物やTVゲームまで文化が混合し、大阪城の一番奥に“大奥”がある現代って!?　美少女たちを集めたそのハーレムに、監察局“腐肉食堂”の任務で潜入することになった、豊臣将軍家のひとり息子である秀影。だがそこで彼が見たのは美少女たちが、見世物として戦う“大奥女学院”であり、血だらけで戦う初恋の少女さくらだった!?　ただの美少女ではありません！　決して触れられない禁断の学園生活が始まる！

大奥女学院の行事“花しらべ”──それは身体測定！　硝子壁の学園だから、触れることは出来ないが出資者は鑑賞できちゃう一大イベントなのだっ。そこに登場した序列四位の『金獅子』と『銀狼』が再会した時、大奥を殺し合いの学園にした元凶である序列一位『絲妃』を倒すバトルロイヤルが始まる！　一方のさくらと秀影はらぶらぶデートなんて、はしゃいでいたら、さくらの身体に深刻な事態が起こり!?　美少女たちの戦国学院、第２幕！

新将軍の豊臣秀影が治めることになった大奥女学院。さくらに一途な想いを寄せているはずの秀影が、学び舎の主になるということは……つまり!?　心中穏やかではないさくらに追い打ちをかけるように、革命の嫌疑で地下監獄へ入れとの命が下される。だがそれは『吸血姫』と呼ばれる姫さまとの出会い、そして正体不明の異国の勢力『黒船』による生徒消失事件に繋がっていたのだ！　新時代が開幕した学院でさくらは“大奥”の頂点を目指す！

『蛍』の計らいで豊臣秀影とラブラブな逢瀬をしていたさくらの前に、「お兄ちゃん将軍～っ♪」と秀影に懐いている、序列２位の『鎌切』が現れる。彼女は『絲妃』が統治していた暗黒時代の方が「正義のため人を殺せたもんっ！」と不穏なことを呟く。そして城下町で生徒２人が惨殺される事件が起こり、解決のためさくらは大奥を出るが!?　豊臣幕府率いる『奥』VS異国の軍勢『黒船』VS戦闘集団『新撰組』──少女たちの戦国時代！

『鎌切』との戦闘で負傷したさくらを治療するため『阿呆鳥』が帰ってきた。さくらを心配しまくる豊臣秀影の元に、敵勢【黒船】のピカドールが助けを求めにやってくる！　さらには『吸血姫』に将軍だと正体がばれ!?