ある罪を犯したことで、エンジェル島を追放されたルーナは、離島の海岸にずぶぬれで倒れているところを、修道女に発見され助けられた。記憶は戻らないものの、修道院の生活になれてきたルーナのもとに、ある日、宋源海と名のる財産家があらわれ、自分の妹に瓜二つのルーナを養子に引きとりたいと言ってきた。そうして宋源家に行ったルーナは、自分とそっくりのノアから「わたしの代わりに学校へ行って。」と頼まれる－－。

宋源家に引きとられ、ノアの代わりに学校に通いはじめたルーナ。だが、父親の事故死を機に宋源家は破産し、ノアも誘拐されて行方不明。ノアの母親と安アパートで暮らすことになったルーナは、真実を打ちあけるべきか悩む。一方、エンジェル島の洞窟に閉じこめられていたノアは、人魚に助けられて兄の海と再会した。しかし、それもつかの間、祈祷師・ピューマに追われ、再びはなればなれとなってしまう－－。

ノアの身代わりとして、聖クラリス学院に通うルーナに、偽者説がクラスで流れはじめた。以前と筆跡が変わったというのがその理由だが、楓と樹里は、「ノアは本物。」と信じてかばってくれた。ふたりをだましていることに、ルーナは苦しさをおぼえる。いっぽう、祈祷師ピューマの手で大海に放り出されたノアと兄の海は、巻き貝のような船に乗っていた双子の少女に助けられ、日本に向かう－－。

エンジェル島から日本に戻ってきたノアだが、何者かに連れ去られ、ふたたびピューマにつかまってしまう。いっぽうのルーナにも、笹林の魔の手がせまる！海の助けを得て難をのがれたふたりは、久しぶりの再会をはたすが、互いの身に起きた出来事を知り、大きなショックを受ける。

祈祷師・ピューマに追われたルーナは、海の中で出会ったピレーネという少年にみちびかれて、エンジェル島に戻ってきた。いっぽう、悪者たちに誘拐されたノアも、兄の海とともにふたたびエンジェル島に上陸する。めざす天使の丘では祭祀がおこなわれていて、生け贄の祭壇の前には、ソレイユ姫の姿が！　邪悪な心をもつピューマをたおし、エンジェル島の人々を救うため、ルーナたちは最後の戦いに挑む－－。