Y染色体、消失。男子、滅亡。－－西暦2012年、太陽系に発生した磁気嵐群の影響で、地球上のヒト科のY染色体は絶滅。残された人類は、卵子同士での生殖に成功。地球は女だけの新たな世界に生まれ変わった。だが、運命の西暦3992年。安斎（アンザイ）・Y（イアント）・姫（ヒメ）、誕生。＜彼＞は、世界にたったひとりの男性となった－－。

＜男＞は＜女＞に造られる。――かつて、男女ほぼ同数であった地球に突如として出現し、人類のY染色体を滅亡させた、サキュバス現象。2000年の時を経て、今度は女性滅亡（フィメールロスト）が近づく。人類を救う唯一の方法として、人工的な男性創出実験が繰り返される一方、ウイルス保持者（キャリア）として隔離された皇（コウ）。愛する人を救うため、世界唯一の男性、姫（ヒメ）が選ぶ道とは――。

＜男性消滅（メールロスト）＞により＜女＞だけになった地球は、原因不明のサキュバス現象により今度は＜女性消滅（フィメールロスト）＞に襲われる。サキュバス予備軍（キャリア）として地下に隔離された皇（コウ）は、自らの健康体を証明すべく原因をつきとめようとする。一方中央では、＜K-10Rα＞内のカヤシマの体内で2000年ぶりに「卵子と精子の受精」が試みられる。皇と、世界にただ一人の＜男＞姫（ヒメ）が選ぶ生命への道は――!?

2000年間、誕生し得なかった＜男＞創出のため、冷凍保存精子による授精実験を開始した中央。すべての被験者が着床に失敗する中、唯一＜妊娠＞に成功したカヤシマに異変が。一方、女性消滅（フィメール・ロスト）を引き起こすサキュバス現象が中央付近で観測され、隔離中の皇（コウ）がサンプル回収に向かう。男であることを隠し続ける姫（ヒメ）と、彼を嫌悪する皇、ふたりの距離が限りなく縮まっていく――！？

生き延びたことが、罪。女性消滅を引き起こすサキュバス現象が＜中央＞を襲い、地下施設での生活を余儀なくされた一行。月小路霧江は、自分以外の誰かのために死を賭した行動をした安斎・Y・姫に対し、強い執着を抱く。サキュバス現象を生身でくぐり抜け、なお生き延びた姫は、恋い焦がれた伊集院・R・皇との再会を果たす。だがふたりの心の距離ははるかに遠い。すべてを目の当たりにし、一人嗤う＜看守＞が握る真実とは―！？