港町シーカポートで対峙するラーンハイム軍と革命組織シュメルツヘイム。この睨み合いに終止符を打つため、軍は『ギッシェルミナ』の投入を決定する。パイロットに代償を課すことで強力な能力を発動させるギルタオン―その中でも、ギッシェルミナは、ラーンハイム最強と言われている。パイロットは残虐無比。神を自称する痛い奴だが、実力は折り紙つき。町が滅ぶ可能性すらも秘めている。一方、ヤシャナの計画の一環で、ライクに養子の話が舞い込んできた。王族にして、ラーンハイム軍の中将のガラハルドという男が、息子になるよう要求してきたのだ。彼により、ライクはヤシャナの計画を知ることになる。しかし、軍を信用することができないライクは疑心暗鬼に陥ってしまう。シーカポートは、軍により完全に包囲される。ガラハルドの率いる巨大戦艦マキッドゴイル。そしてギッシェルミナ。英雄グラカリム。さらには、友人だったメサイア。世話になったシュメルツヘイムが追い詰められようとしている。だが、ライクはシャミーたちを見捨てたくなかった。

キルクライズを手に入れてから三週間。放浪の身となったライクは、海岸線沿いに見つけた港町シーカポートにたどりつく。だが、そこにはとんでもない奴らが潜伏していた！　拉致監禁されるライク。奪われるキルクライズ。一方、町には、軍の巡洋艦ヘルネンスが到着。艦長はロクト・ラックライ。町の調査のために派遣されたのだが、偶然にもキルクライズを発見。手に入れようと目論む。そして、ヴェリド基地の特別監房では、とある計画が始まろうとしていた。最強のギルタオン『キルクライズ』を求め、様々な思惑が絡み合う中――見知らぬ地で、ライクは孤独に戦う。

『代償』を支払うことで、特殊な力を発揮する巨大人型兵器ギルタオン。世界は、この呪われた兵器によって、戦争への扉を開くことになった。国の治安は悪化の一途をたどる。それは、主人公ライクの住むトニザーノも例外ではなかった。暗澹たる未来に嫌気がさしたライクたち兄妹は、もっと安全な土地に移住しようと、首都ランフェルドへと向かうことにした。希望を胸に、列車へと乗り込んだのだが、道中、何者かの攻撃を受け、立ち往生してしまう。偶然、近くを移動中だったラーンハイム軍の戦艦ヘルヴィータに救助してもらえることになった。しかし、艦は任務中であり、すぐにはランフェルドに向かってはくれなかった。ヘルヴィータの任務は新型のギルタオンの回収。つきあわされることになるライクたち。一方、敵国リオンザイルは攻撃を開始し、ギルタオンの奪取を目論む。漁夫の利を狙うテロリストまでもが襲撃を始め、ヘルヴィータは窮地に――。夢と希望に向かって走り出したはずの兄妹は『代償』を迫られる。愛する者を守るために――。