「普通が一番」をモットーとする高校生蛍介の家に、元軍人の少女ルノアヴェルがやってきた！　彼女は異能兵《銃剣姫》としてずっと異界の侵略から世界を守ってきたが、とある理由により退役したらしい。まだ16歳のルノアの望みは『普通の高校生活。そして、恋をすること』だった。しかし、ドーナツすら知らない、街中で武器を振り回す、全裸で敬礼しちゃう、とどこまでも非常識な彼女のために奔走する蛍介は――異界人との戦闘に巻きこまれあっさり死亡!!　復活!?　なんと不死身に……!?　「蛍介様の魂、消えそうだったから……銀弾に、封入してしまったのであります!!」《刻印銀弾》を巡る美少女×銃剣の最重要ミッション、始動!!

記憶を取り戻した蛍介と力を取り戻しつつある銃剣姫ルノアは、つかの間の“普通の高校生活”を楽しむはずが、学校行事で離島へ！　白い海岸で全裸海水浴!?　二人は銃剣を修理するためＡＡＡの基地を訪れるが、ルノアのライバルを自認する銃剣姫（十歳）が現れ!?　大人気ミリタリー美少女×銃剣バトルミッション第二弾！

異界人との戦いに巻き込まれ、異能の兵士銃剣姫たちと暮らす蛍介。アジア中央域軍のメイリンも加わり、ますます非常識な日常がエスカレートする中、美砂からの誘いで、皆でプールへと遊びに行くことになったが……？

銃剣姫たちの積み重ねた想い、龍崎鷹音が今までずっと押し殺してきた想い、そして銀弾の銃剣姫ルノアヴェルの、「大切な大切な想い」を背負い――不死の銃剣将・龍崎蛍介は、銃剣《紫電》で《空間隔離弾》を放つ！