謎の男らにさらわれ、秘密基地の手術でサイボーグとなった少年ジョー。彼は009（ゼロゼロナイン）と呼ばれた。基地には001から008までの素晴らしい能力を持つサイボーグ仲間が。彼らは皆、死の商人「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の画期的な新商品の試作品として生み出されたのだ！　戦争を企む一味から、9人のサイボーグたちは開発者ギルモア博士とともにX島に逃れるが……!? 日本SF漫画史の金字塔、開幕！

米・ソの宇宙開発競争が、日増しに激しさを加えていた時代。敵国を攻撃できるミサイルを満載した「爆弾衛星」の計画などが、リアルに語られていた。そんな中、「世界征服」の野望を抱く男が一人。彼が率いていたのが「黒い幽霊（ブラック・ゴースト）団」である。しかし、邪魔者が現れた。彼を裏切って逃げ出した、ギルモア博士と9人のサイボーグ戦士たちである。彼等を抹殺するために、次々と刺客が放たれる……!!

サイボーグ戦士たちの敵は、ブラック・ゴースト団だけではなかった……!?　ある日、ギルモア博士が旧友・ドルフィン教授との会合に赴くと、何者かに襲われ、教授が浚われてしまう。負傷したギルモアだったが、すぐにジョーたちに連絡し、探索が始まった。誘拐犯は、ドイツナチス党の残党たちが組織した「新ナチス」の男たちらしい。教授の娘・シンシアを囮に敵の本拠地に乗り込むジョーたちだったが、予想外の事態が……!?

戦乱の南ベトナム。ここでは毎日、アメリカが援助する政府軍と、ベトコンと呼ばれる民族解放軍が激しく戦っていた。戦局は、アメリカの意に反しベトコン優勢に。その理由は3つ。戦場が湿地の多いジャングル地帯で、ベトコンは地形を熟知していること。米政府軍内部から武器を持ってベトコン側に寝返る兵士が多数いること。そして、見え隠れする「ブラック・ゴースト団」の影……!?　ジョーたちサイボーグ戦士が陰謀に挑む!!

ギルモア博士の元に入った通信。それはブラック・ゴースト団の科学者・ガイア博士からのものだった。「二週間以内にエーゲ海の火山島・マグマに来い」という一方的な申し出だったが、避けられぬ戦いと諦め、サイボーグ戦士一行はエーゲ海へと向かう。待ち受けるは、ミュートス・サイボーグ戦士たち。アキレスやアポロンなど、ギリシアの神々の名を冠した戦士たちだ。その名に相応しい特殊能力に苦戦するジョーたちだったが……!?