科学と魔術が混在する世界。
　ここは、超能力をカリキュラムとする科学サイド最高峰の学園都市。人口の8割が学生というこの街で、ついに、あらゆる住人がウキウキソワソワする季節がやってきた！
　クリスマス・イヴである。
　街並みからして楽しげな喧噪を見せる中、平凡な落ちこぼれ少年・上条当麻もこのイベントに乗り遅れまいと！　補習に勤しんでいた……。
　デフォルトの不幸体質野郎を尻目に、彼の寮に居候する銀髪シスター・インデックスはいつもと違う心躍る光景に、新たな食いしん坊スキルを発動!?　それを必死で止めようとする上条の前には、イヴの空気にやられた御坂美琴まで現れて、『創約』編は賑やかに開幕する!!

　気づけば上条当麻は病院にいた。 魔術結社『薔薇十字』アンナ＝シュプレンゲルと口づけを交わしたところまでは記憶があるのだが……。
　しかし待って欲しい。
　思春期まっただ中の健康な男子高校生、上条当麻が謎の美女とファーストキス――。
　時は経て現在。彼が担ぎ込まれた病院には御坂美琴やインデックス、そして別行動の蜂蜜色の少女までやってきていた！　科学と魔術が交差する恐怖の糾弾大会が始まる――と思いきや、なぜか美少女たちによる看護ラッシュに移行して!?
　アンナの思惑を察知した美琴と食蜂。犬猿の二人は同じ目的のために手を組んだ。ここに最強の超能力者（レベル５）コンビが誕生する!!

　愛しのお姉様・御坂美琴と二人っきりで過ごす魅惑のクリスマスが、ついにこの手に……！　と期待していた白井黒子だったが、気づけばなぜか彼女の隣には頭髪バーコードでメガネ装備の『警備員』のおじさんが……!?　
　聖なる夜、『風紀委員』の黒子に課されたのはオペレーションネーム・ハンドカフス、学園都市の『暗部』を全て潰す計画だった。そのリストの中には、浜面仕上や滝壺理后の名も含まれており……。追う者と追われる者、双方が生き残るために否応なく激突する中、ふとどちらもが感じた。……この計画は、何かが妙だと。
　事態打破の鍵となるのは『学園都市最大の禁忌』という謎のフレーズで――！

　あががが……寒すぎて死んじゃうぞ、ちくしょう！　
　病院のベッドからどうにか抜け出した上条当麻が降り立ったのは、温暖なはずが極寒となったロサンゼルス!?　……しかも全人口消失という異様な状況で……!?
　アンナ率いるR&Cオカルティクスが引き起こしたこの異常事態下で、上条とインデックスは共に事件解決に挑んでいく。
　強襲する敵の魔術師を躱した先に出会ったのは、たった唯一の生存者である銀髪褐色の幼い少女、そしてその母親の『痕跡』だった――。
　母と娘の想いを上条が受け継ぐとき、その『暗闇』は打ち破られる!!

　冬休み、年末の学園都市。
　ある朝、上条当麻が目を覚ますと何故か同じ毛布にアリスという謎の金髪少女が!?　しかし、この状況に振り回されていはいられない！　『ハンドカフス』で壊滅した『暗部』、その生き残りを乗せた装甲列車が衝突事故を起こし、凶悪な囚人達が外に逃げ出したのだ。
　激化する戦闘、露わになる『暗部』の恐怖。しかし何も知らない上条達がとっさに手を差し伸べたのは、よりにもよって滅法凶悪な花露妖宴で？
　上条と共闘することになった『暗部』は、少しだけ何かが違う。お人好しバカ上条当麻（謎の少女アリス付き）と極限の闇が交差する時、物語は始まる――！