西暦2048年、東京・豊洲――。半グレ集団「上海組」は、黄金よりも高価だという先端材料が巨大企業・ＡＥＥの倉庫に保管してあるという情報を手に入れる。その情報を持ち込んだのは、無口で風変わりな欣太（ゴンタ）という若い男。そして上海組が欣太の案内で倉庫に侵入した時、血まみれの惨劇の幕が上がった！　若い男の正体は？　そして闇に棲む「人間ではないもの」とは一体何なのか？　全てが謎のまま、戦いが始まる！

人間を殺す兄弟ロボットを破壊したオリジンは、同僚・広瀬マイを送る途中、別のロボット２体の襲撃を受ける。合理的な判断しかしないはずなのに、「復讐」という非論理的な行動を起こした兄弟ロボットたち。まさか、彼らのリーダーは、「感情」を持つロボットだというのか――？　唯一の武器・刀を隠した左腕は切断された。エネルギー残量はわずかに2分。圧倒的に不利な状況の中で、オリジンは生き残るために戦い続ける！

ＡＥＥの軍事ロボット強奪を目論むオク電子の山田と、少女・愛。ところが雇われた不良たちが横取りを企てたため、愛は軍事ロボットで不良たちを殺し始める。人間の醜い欲望を目の当たりにしたオリジン。だが、自らの行動原理に従い、一人でも多くの人間を生かすため、最強兵器との戦いに挑む！

俺が何とかしなければ、誰も生き残れない――！　上司のラウラ・フェルミ、同僚の広瀬マイと共に京都「人工知能研究所」に出張したオリジン。そこに突如、兄弟ロボットの一体「艮（ゴン）」が襲来し、容赦ない殺戮を開始した。広瀬マイを守る、それが新たな根本原理。だが、ロボットという正体も明かせない。そしてオリジンは、地下に存在する人工知能「Ｙ」に全ての行動記録の消去を依頼し、勝ち目のない戦いに身を投じる！

広瀬マイを守る――。与えられた新たな命令を守るため、オリジンは戦闘用スーツを着用、人間型「艮」10体との果てしない戦闘に身を投じる。だがその時、戦場と化した京都ＡＥＥ人工知能研究所には、さらに強大な「艮」の本体が接近していた。絶対に勝てない敵。生き残るには逃亡以外の選択肢はない。だがオリジンは、最後の判断を自らの「意志」に委ねた。　「田中、お前、死ぬつもりか――!?」