かつて栄華を誇った日本の忍者たちは、戦後GHQによって組織を解体させられ消滅した。しかし、実は今でも忍者は秘密裏に存在しており、その数は20万人とも言われている。そして一部の精鋭忍者は国家レベルの争いごとの裏で暗躍していた。一方で、末端の忍者は仕事にありつけないことも多く、その一人・雲隠九郎もニート同然の暮らしをしていた。しかし、そんな九郎のもとについに重大な「忍務」が‥‥！

練魔のアパートで暮らす末端忍者・雲隠九郎にくだった忍務は「講談高校への潜入」。まずは生徒になるための転入試験を週末に控えていた九郎だったが、緊急で「男性器の切断事件を起こした外国人テロリストの討伐」が命じられる。しかしニート状態が長く、アパートの敷地から出来れば出たくなかった九郎はすぐには動けず‥‥、九郎より先にただのおじさんっぽい佐々魔元一等忍尉が偶然にも接触。テロリストは忍者に出会えたことに感動した後、戦ってみたい欲が沸いてきて、二人の戦闘が始まる。

神社に隠れていた外国人テロリストは、偶然出会った少女の協力を得て、彼女の住むコーポに潜伏する。だが逃走先はバレバレで、しかも外国人テロリスト討伐の忍務は、複数の忍者たちに下っていた。現場は功を争う忍者同士の譲らないカオス状態に。さらに遅れていた九郎も到着して、混戦の行方は予断を許さない事態に陥る。テロリスト討伐の手柄は誰の手に！？　忍者だらけの大バトルの、はじまりはじまり～！

外国人テロリスト討伐の忍務を果たしたことで、講談高校への転入試験を受けることができた九郎。すでに校内に潜入済みの下忍たちの協力と、留年のかかった同級生・野口を巻き込んだかいあって、ようやく彼の潜入忍務がスタート！　しかし、転入早々に、次々と姿を現す「敵」の忍者たち。彼らの目的は？　そしてその背後にいる者は？　九郎のハイスクールライフは波乱必至！！

講談高校潜入早々、敵のギャル軍団を圧倒した九郎は、そのまま敵のボスとみられる主事さんとタイマンに。そこで超兵器「遁」の凄まじい威力が明らかになる。一方、独自に今回の忍務の裏を探る中忍・加藤は九郎が住むアパートや住人の不自然さに気づき、ますます組織への疑念を深める。様々な思惑が交錯する中、当の九郎は頼まれて不良の憧れである他校との喧嘩計画に加担する始末。そんな中、練魔区内では姿の見えない男に忍者が狙われる新たな凶悪事件が発生する！