“魔女”と“教会”を凄惨な戦争へと導こうとする謎の組織〈不完全なる数字(セストゥム)〉を追うゼロと傭兵。わずかな手がかりを追い、ゼロの故郷である〈弓月の森〉を訪れる一行だったのだが――“十三番”の名前を口にした瞬間、彼らは闇の中に放り出されてしまう……。十三番の操る“強制召喚”によってゼロたちが導かれた場所、それは魔法国家へと変貌を遂げたウェニアス王国だった！　国家主席魔法使いとなった詠月の魔女・アルバスと邂逅を果たす一行だったが、国とアルバスを取り巻く環境はどこか不穏な空気に包まれていて……。

「これより、世界を破壊する」　そうして――。世界は一夜にして変化した。その夜、眩いばかりの満月を背に悠然と空を漂う魔女を多くの者が見たと言う。そして、その言葉をきっかけに、ありとあらゆる獣堕ちたちは――。魔法国家へと変貌を遂げたウェニアス王国へと舞い戻り、主席魔法使いとなったアルバスと再会を果たしたゼロたち。国がきな臭い空気に包まれるなか、彼らの前に現れたのは、教会と魔女を五百年ぶりの聖魔戦争へとたきつけようとする組織〈不完全なる数字（セストゥム）〉の長、“あの方”だった。その正体が明らかになる時、世界は破滅と再生へと舵を切る――。

泥闇の魔女による悪魔召喚で、世界の半分が崩壊した。世界を救う決意をしたゼロ達は、教会騎士団とともに、北の地にあるという祭壇を目指す事に。しかし遠征部隊の隊長であるジェマは、“黒の死獣”に父を殺された過去を持っていた。しかもジェマの従卒は、傭兵の過去をよく知る男で――？　どうにか傭兵が“黒の死獣”である事実を隠したまま北へと進軍するが、荒廃した世界を進むうち、教会騎士団は統率を失い始める。「隊長は魔女におもねっている。教会騎士団を率いるのにふさわしいとは思えない」副隊長である老兵、レイラントに強く糾弾され、部隊との決別を余儀なくされるジェマ。兵の信頼を取り戻すため、ゼロ達はジェマとともに、悪魔が待ち受ける〈禁書館〉を目指すことに。そこでゼロが出会う人々とは？　また、待ち受ける悪魔とは――？

〈禁書館〉で下した悪魔“万里を掌握せし千眼の哨”の力で道の先を警戒し、北のノックス大聖堂へとたどり着いたゼロと教会騎士団一行。悪魔と天才魔女のおかげで行軍は順調に進み、隊長のジェマをはじめ、騎士団のゼロたちへの意識は変わりつつあった。ノックス大聖堂の主教様へのお目通りにジェマが向かう間、傭兵たちは混乱を招かぬよう街の外で待機することに。しかし、血相を変えて戻ってきたジェマが告げたのは、救うべき“代行様”に関する真実だった。一方ゼロは、教会騎士団を無事送り届け任務が完了したことで、改めて師匠の元へと向かおうとしていた。既に居場所も把握しており出発しようとすると、思いがけず、主教と面会の機会が設けられる。それを快く思わない近衛騎士隊長のオルルクスは、なにやら不穏な動きを見せるのだが……。つかの間の平穏を楽しむ傭兵に、魔女であることを思い悩むゼロが告げたのは──。

ゼロとの離別により心身共に傷を負った傭兵。自由の利かない身体に苦しむ姿に仲間達は手を差し伸べるが、傭兵はそれを拒絶し、ゼロを追いかけるべく一人で町を飛び出してしまう。命を投げ出すような傭兵の行為に激怒する神父だが、その揺るぎない決意に根負けし、傭兵を町から正式に追放する決意を固める。館長の助言に従い、“泥闇の魔女”と敵対する悪魔達の力を借りる決断を下した傭兵だが、悪魔と勝ち目のない交戦をする絶望的な事態に。しかしそれこそが、館長の狙いだった。ゼロと傭兵が旅の果てに知る、世界の真実とは一体──。