祓魔師――それは信仰する神仏精霊を具現化し、悪魔契約者と戦う選ばれた聖職者。　逢沢拓真は信仰を持たない身でありながら、祓魔師を養成する《祓魔学園》の門戸を叩く。そこで彼が出会ったのは強大な力を持ちながらも邪教の信徒とされ、その力を禁じられた少女ミトラルカ。　禁忌の力を狙い来る敵から“世界最強の聖女”を護る。信じる神を持たない背教者の戦いが今、幕を開けた──。

無事、祓魔学園への入学を果たした信仰無き祓魔師・拓真と邪教の聖女・ミトラ。しかし聖職者協会からミトラの“聖霊”に対し、さらなる制約が課せられる。　時を同じくして鳴神市・白十字教区に原因不明の霧が立ち込め、調査へ向かった手練の祓魔師はことごとくが消息を絶った。聖職者協会により霊害≪レベル４≫に認定される事態の中、拓真はミトラ護衛の任を離れて仲間とともに霧の調査へ。　忍び寄る陰謀に異端の少年少女が立ち向かう。大迫力の幻想活劇第二幕!!

霧事件が解決し、束の間の平穏を手にしたミトラと拓真。新たに出会った逆十字のロザリオをつけた少女・日南子と友達になり大はしゃぎのミトラだが、一方の拓真は呪いから解放された後の自分の将来を不安に感じはじめていた。　その頃、鳴神市では連続児童失踪事件が発生。祓魔学園の生徒会長・ピエトロ直々の調査の結果、犯人は宗教都市に潜む“もうひとつの邪教の徒”と結論される。調査資料の中には、逆十字のロザリオを写した写真が含まれており──？　背教者たちが紡ぐ幻想活劇、緊迫の第三幕!!

影縫が“ルネサンス”残党の討伐へ向かった隙をつかれ、祓魔学園に幽閉中の“背教者”が脱獄！　一方、拓真は影縫から預かった“箱”を手に、寮で安息の時を過ごしていた。「絶対にあけてはならない」──そう言及されたその箱の中身──それは世界のすべてを知る存在にして、拓真が追い求める“叡智の悪魔”ヴィオレッタが囚われているとされる、聖職者協会の書庫へと至る鍵──!?　すべての始まりとなった“一周目”の秘密を知る彼女を求め、背教者たちが紡ぐ幻想活劇は巡りゆく!!