「クライシス・ギア」は有事の際、人間を守る発明品だった。だが10万人に１人の確率でこれを武器(ウェポン)化できる人間が現れた。高校生・九重慎(ここのえ　しん)もまた武器化の才能を持っていたため、政府機関「特防」に所属するエージェントとなった。そんな彼に、財閥令嬢である緋扇紗々良(ひおうぎ　ささら)の身辺警護依頼が舞い込む。ただの警備任務のはずが、急変！　緋扇本家の人間が全員惨殺された!!　紗々良を守る慎の前にも凶悪犯――クライシス・ウェポンの能力者「セブン」が現れる！　強き「本能」を刃に――バトルアクション開幕!!

人間の危機本能に呼応する「クライシス・ウェポン」の使い手、九重慎(ここのえ　しん)。セブンとの激闘を繰り広げた緋扇(ひおうぎ)家襲撃事件のあと、慎は「黒の使徒」が今度は六大財閥のひとつ八芒(はちぼう)家へと攻撃を開始したことを知る。八芒家は財閥による共闘組織「五撰陣」を編成。激化する黒の使徒との戦いの中で慎は、幼くして大剣のクライシス・ウェポンを顕現させる少女・サファイアに出会うが…!?　大切なものを守るために、救う――決意を秘めた慎の刃が戦場を翔ける!!　本能と信念が織りなすバトルアクション第２巻!!

心中事件の真相を探るため、ついに終末の探偵(ディテクティブ・オブ・フィナーレ)に捜査を依頼した慎は、急増する才能持ち犯罪(ギフテッド・クライム)のせいで駆けずり回る毎日を送っていた。事件の陰に「黒の指導者(ブラックメンター)」という存在がいることを知った慎は、「黒の使徒」との関係を調べていく。一方、慎の妹の紗々良は、財閥総帥である善司が息を引き取り跡を継ぐことに。目まぐるしく変わる環境、終末の探偵からもたらされる「真実」。そして慎の前に立ちふさがる新たな強敵――。慎は真実をつかみ取ることができるのか!?　本能の刃が紡ぐバトルアクション第３巻!!

「黒の使徒」事件は解決した――表向き。だが逃げたセブンの行方や、「黒の使徒」創始者・和泉田幸雄を殺した犯人など、謎は残されたままだった。霞耶の助言を受けて、全ての真相を知る可能性がある「迦嶋田家」の当主と接触する方法を探し始めた慎。その過程で慎は、六大財閥「雨牙家」の令嬢である雨牙・Ｋ・オーレリアと出会う。強気でお嬢様然としたオーレリアに振り回される慎。だが、やがて２人は特防・財閥・そして日本の暗部「迦嶋田家」を巻き込む強大な陰謀に搦め取られていき……!?　理不尽な闇を切り裂き少女を救え！　本能の刃が紡ぐバトルアクション、灼熱の第４巻!!

特防壊滅――その報せは日本が重大な危機に陥ったことを意味していた。混乱を極める状況下、緋扇財閥を根絶やしにするべく動き出す、失われし財閥の亡霊「虹ノ原」とセブン。最凶のクライシス・ウェポンをふるう虹ノ原、修羅と化したセブンの前に次々と倒れていく仲間たち。両親を殺害し、妹の運命を狂わせた犯人は誰なのか？　全ての真相が明らかになる時、慎が選ぶのは絶望の闇か希望の光か……!?　揺るぎない焔でその闇を切り開け!!　本能の刃が紡ぐバトルアクション、終焉の第５巻!!