関東某県にある彩珠学院高校野球部は、甲子園初出場で初優勝を果たした過去がある。しかし現在は毎年1、2回戦での敗退続き。元野球部監督の狭山校長は13年前の部員で、現在は悪徳商法で留置所に入っている鳩ケ谷を訪ね、新監督に就くよう依頼するが…。汗と涙ぁ…そんなモンいらねぇ！かつて名門、今は弱小の私立彩珠学院高校野球部にやってきた問題児監督・鳩ケ谷圭輔が、硬直しきった高校球界の常識を変える！！

合宿の期間中、バレーやテニス、通行人調査など超自己流指導を部員に指示した鳩ヶ谷。左投げを強制させられたエース投手・日高は、ある日ついに我慢できなくなって本来の右で投球練習を再開してしまう。ボールを受けた八潮は、日高のフォームが格段に良くなっていることに驚き、鳩ヶ谷の的確な指導法に感心するが…。

秋季大会を辞退しながら、その直後に多数の県外試合をしたことで県高野連に睨まれてしまった彩学野球部。だが、鳩ヶ谷はこれまで通りの「ポッポ流」を校長に認めさせ、次なるチームの強化策を練り始める。そして、まずは有望な新入生の確保しようと意気込むのだが、その直後、毛呂山から「来年から彩学は中高一貫校になる」と言われてしまい…。

強打者・剛士を養子縁組という奇策でチームに加えた彩学。夏の甲子園まであと9ヶ月、バッティングの強化を図るため、鳩ケ谷はチームをABCの3グループに分けてそれぞれのメニューを組む。主力となるAチームは、マシンの中に白、赤、青、黄の4色のボールを入れて、出た球を瞬時に判断して決められた通りに打つ、という練習なのだが…。

関東大会優勝校・聖母学苑との、沖縄合宿を懸けた試験試合当日。聖母のベストメンバーと戦えることに鳩ケ谷は気合いが入る。「初回に1点取れば6割、2点取れば7割勝てる」という法則から、先制点を取るための打順にしたという鳩ケ谷は、1番打者・日高に初球から行けと指示を出すが…。