三田村黒犬、１５歳。私立不可視高等学校に通い始めたばかりの高校生。そんな僕の特徴は――なぜか「ワルモノ」に襲われて、そこを「魔法少女」に助けられる、というもの。僕は常々、なぜこのような目にあうのか、考え続けていた。そんなある日、僕は先輩――長南雨衣佳と出会う。先輩は魔女を名乗り、僕のその体質の秘密を教えてくれるらしい。その代償は、先輩の計画を手伝うこと。その名前は「魔法少女絶滅計画」――？

先輩によって作られた魔女と魔法少女の混成秘密結社『永遠の満月団』。結びつきが強まった分、反目しあうこともあるようだ。具体的には、武器組――ヒミコを中心とした武器で戦う少女たちと素手組――マミを中心とした素手で戦う少女たちが、信念の違いから反目しているらしい。しかし中心であるヒミコとマミは認め合っている。困った二人が先輩に相談しにきた結果「武道大会大会」を開催することに。って、いったい何！？

魔女である先輩、長南雨衣佳と僕、三田村黒犬によって計画された「魔法少女絶滅計画」。それは魔法少女と魔女の壮絶な戦いを経て、魔法少女は魔女を目指していき、その手助けをする、という形で進められることになった。その活動の一環として、雨衣佳がＤＪを務める魔法ラヂオ放送内にて「魔法少女身の上相談」を行っていた。この企画に、ある相談が持ち込まれる。そこには「史上最強」の魔法少女が関係していて――。