イレイザーと呼ばれる機体を二人一組で操作してバトルする巷で大人気のアーケード・ゲーム 「デュアル・イレイザー」。　複雑な二人搭乗型ゲームを一人で操る“ぼっち”な美少女・如月紀沙羅。彼女は全国ランク一位・無敗の天才である。　一方、脳筋野郎・東城刀雅。「パイルバンカーは男のロマン！」 と主張する彼は、このゲームで負け続ける、単純明快・イレイザー好きな空手バカである。　だが、そんな刀雅が紀沙羅の秘密を知ったことをきっかけに、二人はパートナーを組むことになってしまい……!?　天才で華麗な紀沙羅と、凡人で脳筋な刀雅。対照的な二人によるアーケード・デュアルバトルが、今ここに始まる──。

カイとのバトルに勝利し、『デュアル・イレイザー』 のパートナーとして認められた刀雅は、紀沙羅からゲーム中に乱入してくるという幽霊イレイザーの噂を聞く。　一方その頃、刀雅の親友・桐也とその相棒・アレンは、噂のイレイザーに襲われてしまう……。幽霊の正体を暴こうと立ち上がったパイロットたち ── 刀雅＆紀沙羅、そして岬＆あずなのWコンビは幽霊イレイザーを誘き出そうと、ある作戦を試みるのだが……!?

夏休みを利用して、紀沙羅の母親・レイラ博士の待つ海外ホロスコープ社の研究所へとやってきた刀雅たち一行。　かつての強敵エフェメラ改め、現在は桐也にベタ惚れする女子高生・陰日を仲間に加えリゾートを楽しむ彼らだったが、レイラ博士の情報で「A2イレイザー」という新たな存在を知るのだった──。　そんな中、研究所に隠された謎の物質「アポクリファ」を狙って現れた『鮮血の古城（ブラッディ・キャッスル）』党首のカイと、その部下タカオカとの決着をつけるため、刀雅・紀沙羅たちは「A2イレイザー」に乗り込むのだが……!?