結社の大幹部〈金薔薇〉の魔女アストリッドによる学院襲撃を退けた雷真達。だが、その代償はあまりにも大きく、夜々の金剛力の魔術回路が消失、重篤の危機に陥った。夜々の身体を直せる可能性を持っているのは、その作り手である花柳斎硝子だけ。しかし、その硝子が行方不明になり……!?

日輪の手で一命を取り留めた雷真だが、目覚めた時夜々の命の刻限は過ぎており――!?　一方、学院では王妃グローリアが新学院長に就任。学院は英国に掌握され、アスラを魔王にする謀略が動き出す。秘められし硝子の過去が明かされるとき、乙女たちは雪月花誕生の『意味』を知る――！

学園の動乱を納め、そして繋がれた夜々の生命。雷真に訪れる一時の平穏。だが、学院長・ラザフォードの一言が更なる混沌を招き――!?　シンフォニック学園バトルアクション！

夜会終了まで、あと二日。要石を得た雷真は更なる賭けに打って出る。「魔女二人を倒す。それであいつらを救ってやれる」許嫁の日輪とブリュー姉妹を結社の支配から解放すべく、危険な反攻作戦が始まる！

雷真はロキとの決戦に臨むが、神性機巧を巡る策謀もまた夜会同様に最終局面に。行動開始する日本軍。いざなぎ当主・土門綺羅は英国王エドマンドと結び、学院を強襲、機巧都市を瘴気の海に沈めようと動きだし……!?