役所内に秘密裏に存在し、「領怪神犯」を調査し“記録”する機関、領怪神犯特別調査課。

ここに新たに穐津（あきつ）という新人が配属されてきた。
どこか世間離れしていてつかみどころのない印象だが驚異的な記憶力を持つ彼女は、片岸と宮木と共に調査を行う内に、徐々にチームに馴染んでいく。
だが、穐津はかつて宮木が所属していたのと同じ「ある部署」から来たと言い、宮木に意味深な接触をしてきて――。

その一方で、課の上層部である切間（きるま）は、片岸と宮木による「知られずの神」についての調査が、前回も空振りに終わったことを重くみていた。
特別調査課の唯一にして全ての指針である、領怪神犯の『記録』。
それすらも叶わない現状を打破し、この神による失踪者捜索に踏み切るため、調査体制を大幅に変えることを決める。
これまでは現地に赴かなかった、課の創設期からの上層部メンバーである梅村、江里、六原も加えた大々的な実地調査を行うことになり……!?

人智を超えた神々の超常現象に対峙する人間たちの物語が辿り着く先とは。
圧倒的スケールで贈る三部作、ここに堂々完結！

この世には、理解不能な神々が引き起こす超常現象がある。
善悪では測れず、だが確かに人々の安寧を脅かすそれは「領怪神犯」と呼ばれている。

この人智を超えた危険な現象を人知れず調査し、対処にあたる「領怪神犯特別調査課」は、役所内に秘かに存在していた。
その全貌を誰も知らない、謎めいた組織――。
同課の片岸と部下の宮木は、各地の現象を追う中で領怪神犯のある真実と、組織が隠し持つ、世界の秘密の一端に触れた。

+ + +

それより時は遡り、20年前。
霊感商法詐欺を働いていた青年、烏有定人（うゆう・さだひと）は警察に捕まるが、
連れて来られた先で始まったのは普通の取り調べではなかった。

そこにいたのは、元殺人課の刑事・切間（きるま）と、民俗学の准教授・凌子（りょうこ）。
烏有は「見える」力を持つために目を付けられ、警察の管轄内にある「領怪神犯対策本部」で
２人と共に、日本各地の村々で起こる異常な現象に立ち向かうことになるが……。

「対策本部」が「特別調査課」に至るまでに、一体何があったのか？
最終章の驚愕、再び。そして胸を刺す衝撃のラストが待ち受ける。

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この世には善とも悪とも呼べない、理解不能な神がいる。
毎年身体の一部が村に降ってくる神、不老不死の夢を見せる神、あらゆる事象の辻褄合わせをさせる神、一切の記録がなくただ信仰だけが残る神――。
理解もできず根本的な対処もできない、だが確かに日本各地で起こり、人々の平穏を脅かす現象は「領怪神犯」と呼ばれている。
公的機関として密かに存在する「領怪神犯特別調査課」に所属する片岸は、部下である女性調査員の宮木と、各地から報告される「領怪神犯」の調査と対処に当たっている。
奇怪で危険な様々な神による超常現象、時にはそれらの神を崇める危険な人間たちとも対峙しながら、片岸は調査を進めていく中で失踪した妻の痕跡を見つけ出そうとする。
だがそれは、「領怪神犯」のある恐ろしい真実に触れることにもつながっていき――？