突然、世界各地に「霧の艦隊」と言われる謎の超兵器を搭載した戦艦群が出現。人類はその艦隊になす術無く敗戦し、海上に出る事が出来なくなった…。その海戦から17年後、何故か「霧」の潜水艦イ401に乗り込んだ千早群像とその仲間達は、イ401の人体化（メンタルモデル）のイオナと共に、霧の艦隊に戦いを挑む…。

日本政府から依頼された兵器の輸送をするため、故郷の横須賀に帰航した401と千早群像たち。それを待ち構えていたのは「霧の艦隊」ではなく、日本政府の「魔の手」であった……。だが、そこに「霧」の戦艦・ハルナとキリシマが戦いを仕掛けて来た！　緊迫の横須賀海戦、勃発！！

故郷の横須賀に帰航した４０１を狙い、「霧」の戦艦・ハルナとキリシマが攻撃を仕掛けて来た。動けない４０１を守るため統制軍の新型潜水艦・白鯨が出撃するが、果たして霧に対抗できるのか！？　横須賀海戦、最終決着！！

遂に群像の父・翔像の差し金である霧の艦船U－2501が接触！無敗のイ401最大の危機!?メンタルモデル対人間の闘いが始まる！

群像の父・翔像が差し向けたＵ-2510の攻撃を受け、初めて敗北を喫した群像達は協力者になったヒュウガ、タカオ達と次の出港にむけ準備をする。一方霧のハルナ達は刑部邸に身を寄せていたが存在がバレて!?