遠い昔、ジェダイが滅びて久しい時代。平和だった銀河系は銀河帝国の圧政下におかれていた。ある時、反乱同盟軍のスパイが、帝国の宇宙要塞デス・スターの設計図を盗み出すことに成功する。奪還のため、ダース・ベイダー卿は同盟軍の指導者レイア姫の乗った宇宙船を襲うが、レイアは設計図と救援メッセージを2体のドロイドに託し宇宙に放つ。やがてこのドロイド達、R2-S-D2とC-3POは青年ルークと出会い…。

ヤヴィンの戦いから３年後。ダース・ベイダーは、反乱同盟軍の基地の在処と、ルーク・スカイウォーカーの行方を追っていた。反乱同盟軍は惑星ホスに基地を構えるも帝国軍の知るところとなり、激闘の末散り散りとなる。その後ルークはヨーダに『フォース』の教えを乞いに惑星ダゴバへ向かう。一方ハン・ソロとレイア姫は惑星べスピンへ行き着くが、大きな罠が彼らを待ち受けていた……。

ルークとレイア姫は、ハン・ソロを救うため犯罪王ジャバの宮殿に潜入し、決死の救出作戦を成功させる。その後ルークはマスター・ヨーダに教えを乞いに惑星ダゴバを訪れ、あらためて自分の父がダース・ベイダーであること、そしてレイア姫が双子の妹であることを知る。その後帝国軍との最終決戦のために、ルークはソロ、レイア姫らとともに第２デス・スターのシールド発生装置を破壊するべく森林衛星エンドアへ向かうが…。

なぜアナキンは暗黒面に堕ちたのか？ベイダー誕生をめぐる衝撃の物語が幕を開ける――！ジェダイ・マスターのクワイ=ガン・ジンと弟子のオビ=ワン・ケノービは、辺境惑星と通商連合の間で起こった紛争の調停役として、惑星ナブーに派遣される。アミダラ女王を救出した一行は、船の修理のため惑星タトゥイーンに降り立つ。そこで並外れたフォースをもつ奴隷の少年、アナキンに出会うが――。

新三部作の２作目となる本作では、青年アナキンの葛藤と内なる闇の萌芽を描く。銀河共和国が分裂の危機に直面していた。ジェダイのオビ=ワンとその弟子アナキンは、元老院議員となったパドメの護衛を命じられ、１０年ぶりに再会する。次第にアナキンとパドメは強く惹かれあうが……。