アルタ・シュヴァイツは伝説の《剣聖》の生まれ変わりであり、歴代最年少の騎士。
今世は早々に前線から退きたいアルタだったが、次期国王との呼び声が高い《剣聖姫》の少女イリス・ラインフェルの護衛任務に就くことに。
表向きは学園の講師として派遣されたアルタだが……「私と本気で戦ってください」護るはずのイリスから突然戦いを挑まれて!?　
イリスに力を示したアルタは教えを授けることになるが、その裏では彼女を狙う闇が動き出し――？　
指導を続けていくうちに、アルタは強さを求めるイリスの想いを知り――
「君が頼れる相手は、ここにいます」
《剣聖》の誇りにかけてイリスを未到の高みへと導いていく！

隣国から訪れる視察団の案内人を務めることになった《剣聖姫》の少女イリスと元《剣聖》のアルタ。
その任務を前に、アリアが突然姿をくらまし……？　
親友の行方を心配しながら、イリスは《ファルメア帝国》元帥の娘、エーナ・ボードルらと行動を共にする。
その最中、エーナを狙い現れた暗殺者集団《影の使徒》。
そこにいたのは――「……アリア？」行方知れずの親友だった。
「……イリスには関係ない」「関係ないわけないでしょう！　私達は――」
それぞれの“護りたいもの”のために戦う少女達。
その時アルタは、《剣聖》の名を以て、二人を呪縛から解き放つべく行動を開始する――！

課外授業で海辺の町へとやってきたアルタ達。イリスの砂浜での特訓を指導しながらも、アルタは騎士団と共に敵の襲撃に目を光らせていた。そこに、一度は敗北を喫した《剣客衆》が、その威光を取り戻すべくアルタを狙って襲い来る。
更に一人の少女が剣客衆を追って現れた。ルイノ・トムラ――アルタの前世に関わりのある名を持つ彼女は、剣客衆の一人を一刀の下に斬り伏せる。
ただ強者を求め、人を殺すことも厭わない《剣客少女》ルイノの真の狙いは、アルタとの『死合』で――!?
様々な思惑が行き交う海辺を戦場に、剣士達の激闘が幕を開ける！