エスパーダ聖庁の危機を救ったアッシュ。だが、その傷跡は深く、シェブロン王国で療養生活を続けていた。久しぶりの休息を味わうアッシュ達だったが、ゼファロス帝国で革命が勃発！　革命の指導者は七翼将・アンネゲルトであった。一方、帝国の第五皇女であるルクレツィアは革命派の襲撃を逃れ、ゼノグラヴィア山脈に潜伏。山岳民族タンタロス族の援護を受けながら、雌伏のときを過ごしていた。だが、アンネゲルトの魔手はタンタロス族にも及び……ルクレツィアの命運は、ひとりの少女に託される。美少女ドラゴンが歴史を刻む本格ファンタジー！　繋がりの絆が奇跡を生む。

アンネゲルトに囚われたルクレツィアを救出してから二ヶ月後。騎竜学院は夏休みを迎えていた。魔導結社が沈黙を保っている中、母からの手紙を受け取ったアッシュは、故郷のアルバ村に帰ることを決意して――!?

故郷での母との再会の後アッシュは盟主サヴォナローラの正体を知る。残酷な真実を前に世界を護るため自分が盟主を止めると、アッシュは決意を固めた。そんな折オスカーから各国首脳による極秘裏の会談が提案される。

明らかとなった盟主サヴォナローラの恐るべき計画。古代遺跡〈ゾノ＝トーンの方舟〉で着々と進められる儀式。囚われのラクエルの運命や如何に！　美少女ドラゴンが歴史を刻む本格ファンタジー、クライマックス突入！

ラクエルの身に宿った賢竜王インボルクは、ついに星間移民船〈ゾノ＝トーン〉を発進させた。一方、大陸の中央部ではゼファロス共和国軍がシェブロン王国へと侵攻。第二次ゼノグラヴィア戦争が勃発してしまい……!?