ようこそ実力至上主義の教室へ

２年最後の「学年末特別試験」を経て、３年生をＡクラスで迎えるにいたった堀北たち元１年Ｄクラス。だが最大の立役者・綾小路清隆がクラス移籍をしてしまう。堀北クラスの生徒たちは混乱と混沌の感情に陥いるが――たった一つの残酷な事実がそこには存在していた。堀北たち３年Ａクラスは、『綾小路清隆』に勝利せねば、Ａクラスで卒業できない。
成長を見せる龍園とＢクラス、綾小路のＣクラスと一之瀬のＤクラスに新たな繋がりが生じる中、３年最初の特別試験『全体、少数戦学力総合テスト』が発表される！　Ａクラスで卒業できるのはたった１クラス。頂点に立つのはどのクラスなのか！　待望の『３年生編』スタート！


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大きな衝撃と共に『学年末特別試験』は終了。だが――
「私も含めて、何よりも気になっていることを解消したいと思う」
「綾小路が、わざと退学者を出してるってことか？」
「俺はあの勝負に納得なんてしてねえ」
「私の責任です。私はこれから、このクラスでリーダーを続けていく自信が――」
「私は絶対にＡクラスにしてみせる。どんな方法を使ってもね」
「私たちが残された時間で逆転できる可能性は――」
各クラスは新たな火種を抱えたまま２年生最後の春休みを迎えることになり――！
「久しぶりだな清隆。元気そうで何よりだ、学校生活は順調か？」
「春休みが終わるまでには必ず。それじゃあ、今日はこれで失礼します」

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長かった２年生も最終盤、最後の特別試験『学年末特別試験』が遂に実施される。各クラス先鋒、中堅、大将、３人の代表者を事前に選出し、対戦クラスの代表者と勝ち抜き戦を行う。ただし試験内容は当日まで不明というもの。
「俺の本気って奴を坂柳と、そしておまえに見せてやるよ。俺には似合わないが正々堂々とねじ伏せてやる」
「学年末特別試験が片付いたら、ゆっくりお茶でもいたしましょう。彼を倒した後は綾小路くんとの勝負が、３年生で待っていますから」
龍園と坂柳、生き残るのは１人だけ――。大人気学園黙示録、２年生編クライマックス！
「お互いに特別試験で退学せずに済んだら、その時は時間を作ってくれ」


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３年生がリーダーを務め、１，２年生クラス混合のグループで挑む合宿『交流会』が発表された。ただ今年の合宿は退学ペナルティもクラスポイントの増減も一切ない、他学年との交流がメインの緩いイベント。綾小路は鬼龍院リーダーの下、橋本、森下、山村、椎名等と同じグループとなり、押し花作り、トランプ、アーチェリーなど体験学習ゲームに参加する。
一方、勝利が求められない交流会の緩さを利用して、堀北は天沢とのリベンチマッチを計画。綾小路に対しアドバイスを求める。
「あ？　俺は真面目に相談してるぜ？　必死に助かる方法を探ってるんだよ」
綾小路に急接近する橋本の他、学年末に向け各クラスも動き出して――！

冬休みが終わり高度育成高校の３学期が始まった。直後に告知された『生存と脱落の特別試験』は４クラスがジャンル別課題を対戦クラスにぶつける攻防戦。だが１位以外はクラスポイントが減少する過酷な試験で――!?