学生注目～～!!　あのナッキーが、教師になって帰ってきた!!　25歳のナッキーこと北城尚子（きたしろなおこ）は、市立御園（みその）中学のクラス担任となって緊急赴任。しかしこのクラス、どうやら根深い問題を抱えているよう。教師不信の覆面グループが、ナッキーに執拗な妨害工作を行ってきて……。平成生まれの14歳を相手に、「悪たれ団」の面目躍如となるか？　少女漫画の金字塔「生徒諸君！」の教師編、いよいよスタート!!

ナッキーが帰ってきた！！ナッキーの前に、穂高に散ったはずの最愛の男性が！！赴任した御園（みその）中で孤軍奮闘するナッキー。しかし、なかなか生徒たちの心をつかめない。そんなある日、クラスの生徒が万引きで補導されてしまう。警察署で保護者を待っていると、そこに現れたのは死んだはずの沖田成利（おきたなるとし）とうりふたつの男！！突然の出来事に動揺するナッキーは……！？

ナッキーは、「大人を信じない」生徒たちの冷酷さに心を痛めながらも、御園（みその）中学２年３組の建て直しのために奔走する毎日を送っている。そんなある日、教員室へ１本の電話が。ナッキーの生徒が万引きで補導された。警察で生徒の保護者を待つ彼女の元へ訪れたのは、なんと、死んだはずの沖田成利（おきたなるとし）そっくりの男性だった！　青春時代の熱情と、生徒たちの心の叫びに動揺するナッキーは……!?

ナッキーが教師をクビに！？生徒は反発、御園中は騒然――！！バス事故での献身的な救助で生徒の信頼を勝ち得たナッキー。しかし、PTAはナッキーの辞任を強硬に主張。ナッキーを教壇に復帰させるべく2年3組の生徒たちは驚くべき手段に出るのだが……！？

あたしの行く場所はどこにもない――。御園（みその）中学の屋上には、絶望の涙を浮かべて身を投げようとする生徒の姿があった。樹村珠里亜（きむらじゅりあ）、14歳。２年３組の「裏の仕置き人」グループの中心であり、心を閉ざした女の子。そんな彼女がナッキーの肩にすがりつき、泣き崩れる日が来ようとは……。必死の呼びかけを通じて、彼女の凄絶な事情を知ったナッキーたちは、ともに再生していくための方策を模索しはじめる。