片田舎から王都に一人で出てきた錬金術師レイスは困っていた。彼は王都に着いて早々お金を全て騙し取られて、頼れる知り合いもおらず、お腹を空かして倒れそうだった。
そんな時にレイスはＳ級冒険者の美少女・ラフィーと出会う。彼女の妹・シルヴィアの病を助けることで、美少女姉妹たちの信頼を得たレイスは、共に生活を始めることになった。
『人助けは自分の手が届く範囲内で』と決めているレイスだが、自分が規格外であることを自覚していない。彼はのんびりと楽しく王都暮らしを満喫しながら、その一方、錬金術で最上級のポーション・エリクサーを片手間に作ったり、聖水を一晩で完成させたりしてしまうのだった。（凄腕の錬金術師でも一つ作るのが困難な代物なのに！）
「大丈夫だよ、ラフィー。エリクサーなんて、また簡単に作れるから」
これは『規格外の錬金術師』とそれに巻き込まれる『美少女S級冒険者』二人の物語！

ルセイン王国の王都へとやってきた錬金術師のレイス。彼は持ち前の人の良さで、シルヴィアの病を上級ポーションで癒やしたり、さらに貴重な薬・エリクサーを使って、瀕死の重傷を負った冒険者まで治療したりしてしまう。
これらの功績によって、レイスが桁外れの凄腕錬金術師であることがあっという間に王都中に知れ渡り、冒険者ギルドを通じて次々に依頼が舞い込んでくるようになった。
Ｓ級冒険者のラフィーから「自重しなさい」と忠告を受けつつも、律儀に依頼をこなしていったことで懐が潤ってきた彼は、そのお金を全額投資し錬金術の工房をフルオーダー。
こうして待望の拠点を手に入れたのだが、王家から指名依頼の手紙が届き――。
「肝心の依頼内容が書いてないっていうのが怖いよなぁ……」
『規格外の錬金術師』と『美少女S級冒険者』による人助けスローライフ・ファンタジー!

活動の拠点となる工房を手に入れ、ようやく王都での生活基盤が整い始めたレイス。
ところが、王家から指名依頼が舞い込んだり、錬金術の師匠であるルリメスが突然やってきたりと、レイスは落ち着くどころかこれまで以上に慌ただしい日々を過ごすことになってしまう。
王家からの指名依頼は、王国の象徴である晶竜の異変を治療するという特殊な内容だったが、Ｓ級冒険者のラフィーにシルヴィア、四大貴族の一つであるリンフォールド家の長男・セス、そして最高峰の魔導師でもあるルリメスの協力により無事に成功を収める。
これによりレイスは、冒険者ギルドだけではなく、王家からも一目置かれることになるのだった。
そんなある日、彼は依頼の報酬を使って、以前から温めていた計画を実行に移す。
「実はですね、自分の店を開こうと思いまして――」
自重しない錬金術師・レイスの新たなる挑戦がここに始まる！

ついに念願であった自分の店をオープンさせたレイス。最初こそ売上は芳しくなかったが、偶然知り合った不思議少女・ローティアがスタッフに加わったり、販売されている商品の良い噂を聞きつけた者たちが来店するようになったことで、店は爆発的な人気を得ることになる。
そんなことがありつつ王都は祭りの日を迎え、一年で一番の賑わいを見せる――のだが、予告なくローティアが暴れだし、その圧倒的な魔力によって王都中を混乱へと陥れていく。
ローティアが吸血鬼の流れを汲む家系の生まれであることを知ったレイスは、知恵と錬金術で彼女の暴走を見事阻止するが、ローティアが壊した設備の修繕費捻出に頭を悩ませるのだった。
そんなレイスは、セスから王立魔法学院の臨時教員募集の情報を紹介され……。
「んー……じゃあまあ、やってみようかな。困ったときはセスの妹を頼ろう」
果たして、自重しない（できない）レイスに超名門学院の教師が務まるのか!?