学園都市の新学期初日。 それは、上条当麻が通う高校に”謎の転校生”が現れた日で、インデックスにはじめて「ともだち」ができた日で、御坂美琴がインデックスと初対面した日で、二人に板挟みになった上条があいかわらず不幸だった日で、その一部始終を傍観していた白井黒子が上条に嫉妬した日で……そして、学園都市にとある魔術師が襲来した日だった！ ”謎の転校生”、「ともだち」、とある魔術師。 特別警戒宣言下の学園都市で科学と魔術が交差するとき、上条当麻の物語は始まる――！

伝説の魔術師が記した、天使を召喚することができるという驚異の魔道書『法の書』が、解読法を知るシスターと共にさらわれた。 学園都市でぼけーっ日常を過ごしていた上条当麻には、それはまったく関係ない出来事――のはずだったのだが、”不幸”にも何故かその救出戦に加わることに……。 しかもさらった犯人は『天草式十字凄教』、つまり神裂火織が女教皇を勤めていた宗派だというのだ……！ インデックスが所属する『イギリス清教』、今回の依頼主の『ローマ正教』、そして神裂火織がかつてトップにいた『天草式』。 三つの魔術組織が上条当麻と交差するとき、物語は始まる――！

ここは、学園都市の全女子生徒が羨望の眼差しを注ぐ名門女子高・常盤台中学。もちろん通う生徒は全員”お嬢様”である。 その”お嬢様”のひとり、御坂美琴が体育の授業後に、汗をかいた身体を洗おうとシャワーを浴びていると、隣から一人の少女が声をかけてきた。 白井黒子。学園都市の治安を守る『風紀委員』であり、空間移動能力を持つ大能力の少女。彼女は、美琴を放課後のショッピングに誘う。 ――それが、黒子の長い長い一日の始まりになった。お姉様・御坂美琴の本当の姿を知る、長い長い一日の……。 お姉様と”あの殿方”が交差するとき、白井黒子の物語は始まるのですの!?

学園都市最大級行事「大覇星祭」。 それは、超能力開発機関である学園都市に存在する全ての学校が合同で体育祭を行う、という超大規模イベントだ。 その行事には、もちろん上条当麻も参加する。しかし、彼の”不幸”は健在で、空腹のインデックスには噛みつかれ、大覇星祭運営委員の吹寄制理には糾弾され、御坂美琴には競技中にビリビリを食らわされ……!? そんな中、謎の霊装『刺突杭剣』を巡り、とある魔術師が学園都市に学園都市に侵入した。オリアナ＝トムソン。魔術業界屈指の「運び屋」で、『追跡封じ』と称される彼女の目的とは……！ 科学と魔術が交差するとき、上条当麻の物語は始まる――！

７日間にわたって開催される「大覇星祭」。 運営委員の吹寄制理やチアリーディング姿の月詠小萌、名門お嬢様学校の御坂美琴など、学園都市のすべての教師と生徒が一丸となって取り組む超大規模イベントだ。 そこに、ひとつの波紋が広がった。『使徒十字』。 そう呼ばれる存在が、上条当麻の大切な人たちの夢をあっけなく破壊していく……！ 上条当麻は走る。 誰もが期待し、楽しんでいた「大覇星祭」を取り戻すために。 科学と魔術が交差するとき、物語は始まる――！