清らかな乙女にのみ許された特権――精霊契約。ここアレイシア精霊学院では、精霊使いとして訓練を積んできた貴族の令嬢たちが集められ、エリート教育を受けていた。少年カミトは、ふとした事故から学院生の少女・クレアの水浴びを覗き、さらに彼女が求めていた精霊と代わりに契約してしまう。そう、カミトはこの世界ではありえない、男の精霊使いだったのだ！「あ、あんた……あたしの精霊、奪った責任とりなさいよね！」「は？」「あんたがあたしの契約精霊になりなさいっ！」箱入りお嬢様たちの学園に放り込まれたカミトの運命は!?　刻印輝くエレメンタル・ファンタジー！

精霊剣舞祭の開催まで二ヶ月を切った。だが、クレアとカミトたちのチームは、学内ランキングの剣舞祭出場枠にはまったく届かず、そもそも必要なチームメンバーさえ揃っていなかった。そんな中、学院にオルデシア帝国第二王女、フィアナが編入してくる。かつて火の精霊姫候補だったが、いまはその資格を剥奪されて“喪失の精霊姫（ロスト・クイーン）”と呼ばれている彼女。学院長の依頼により、彼女とカミトたちはとある任務に挑むことになる。だが、カミトに積極的に迫るフィアナの様子に、クレアは内心穏やかではなく、料理対決や背中流し対決が始まり……!?　カミトの過去を知る少女。仲間たちの絆。そして、少女の胸に秘められた想い――。エレメンタル・ファンタジー第２弾！

フィアナを仲間に加えたクレアたちは、間近に迫ったヴァレンティア聖祭の準備（媚薬とか裸チョコとか）に追われつつも、精霊剣舞祭への出場条件である学内ランキング上位三枠に近づいていた。だがその前に、エリスの義姉にして、ランキング一位の学園最強の存在――ヴェルサリア・イーヴァが立ちはだかり……!?

精霊剣舞祭〉開幕。学院代表として開催地へ向かうクレアたちは、軍用精霊を操る謎の刺客に襲われる。その正体は、〈教導院〉時代にカミトを兄と呼んで慕った少女、ミュアだった。迫り来る過去に揺れるカミトの前に、闇精霊レスティアや、最強の剣舞姫レン・アッシュベルがついに姿を現し――。

エストを失ったカミト。エストは戻らないまま〈精霊剣舞祭〉本戦は開幕し、竜騎士レオノーラたちがカミトに迫ってくる。失意に沈むカミトだが、クレアたちの（獣耳コスプレなどの）協力のもと、少しずつエストの過去に触れてゆく。そこでカミトが見たものは、はるか昔の、伝説の聖剣と、救世の聖女と呼ばれたひとりの少女の物語だった。「ねえ、エスト」「なんでしょうか、マスター」「いつまでも、私のそばにいてくれる？」それはとてもあたたかな記憶。そして失われるぬくもり。最後に残されたのは、冷たい指先と……。闇の中で彼女は祈り続ける。繰り返される罪と、罰と、決して得られぬはずの赦しを願いながら――。エレメンタル・ファンタジー第５弾！