陸地国家リベリスタンの外洋で危険なクジライカ追いを生業としていた少年ラッセルは、深海で不思議な生物リヴと出会った。ユンボロの操縦性能を飛躍的に高めるリヴの能力を使い、ラッセルは安全な本土で身を立てる決意をする。一方、敵対する国家アウグストニアの大臣の娘であるスカヤは、結果の出せない日々に消耗していた。だが彼女の研究対象である謎の人型機械"イグナイト"が突如目覚め、スカヤをパイロットとして選んだことで事態は一変する。陸地に希望を抱く少年と、自由を求める少女。そして巨大船団ガルガンティアが巡り逢う地で、新たな物語が動きだす――。カバーイラスト＆挿絵イラストは鳴子ハナハルによる描き下ろし！　またアニメ第2期用に制作されたレドたちを含む新たなキャラクターデザイン、石渡マコト（ニトロプラス）による新メカニックデザイン、世界設定資料なども多数掲載！

『あなたのことを知っている』人の言葉を解し、この星の因果を語り継ぐ深海からの使者、リヴ。自らの使命を明かしたリヴは、レドに一つの願いを託す。
スカヤの凶報をきっかけに、ラッセルはアウグストニア軍人となる道を選んだ。リヴの切なる願いをよそに、少年は人々を苦難に閉ざしてきたものの正体を暴くべく闘いへと身を投じてゆく。
一方、祖国に見放されたスカヤはポーラと名を変え、リベリスタン最強の闘士として選抜された。知能を劇的に発展させたイグナイトとともに、少女もまた遥かな高みを目指す。
数奇なる運命が交錯する“武闘の儀”――そこに秘められた世界の真実が、遂にその姿を現す！