水を飲むと姿が消えてしまう、まだ半人前の透明人間のこももちゃん。そんなこももちゃんの初恋の人はおなじクラスで、ラグビー部の片桐康平くん。ところが、学園の女ボス・麗華も片桐くんが大好きで、こももの強力なライバルに！　麗華に邪魔されつつも、透明人間になれる力を使って、ペットの透明猫・東風と大かつやくする奇想天外学園コメディ！！

水を飲むと姿が消えてしまう、まだ半人前の透明人間のこももちゃん。夏休み中、こももは片桐くんのラグビー部の練習を見に行こうとするが、成績が悪く、家庭教師をつけられてしまう。しかも、その家庭教師も透明人間！　そのスキに恋のライバル・麗華が片桐くんにつきまとい恋人気取り。　秋の運動会でも、ライバル・麗華率いる白鳥組と大奮闘。ところが、片桐くんの大切していた写真の女性が現れて…！！

水を飲むと姿が消えてしまう、まだ半人前の透明人間のこももちゃん。運動会、後半開始直前に現れた、ナゾの女性。片桐くんはその女性に対して冷たい態度をとるが彼女の正体は一体？　２人の関係も気になるこももだが、恋のライバル・麗華との白熱した競技対決を繰り広げる！　そして、クリスマスを迎えパーティをすることに。手編みのセーターを渡そうとするが麗華も同じものを…！　楽しくパーティをしていると、窓の外に三日月が見え、こももは姿が消えてしまう。透明人間は三日月の夜になると消えてしまうのだった！　絶体絶命のピンチに陥ったこももは一体どうする…！？

水を飲むと姿が消えてしまう、まだ半人前の透明人間のこももちゃん。透明ネコの東風の恋人・チロが遊びにくる。…が、チロの飼い主・透明人間の風子までついてきて、なにかとこももと対立する。麗華が卒業し、片桐くんと同じ生徒会に入りたくて立候補すると、風子が裏で細工をし生徒会長になってしまった。こももの立場を利用して、この学校を透明人間の学校にしようといってくるが、断るこもも。対立した２人は特殊能力で決着をつけようとするが、なぜか手が離れなくなってしまった！　すると、こももと風子のようすがおかしなことに…？

水を飲むと姿が消えてしまう、まだ半人前の透明人間のこももちゃん。突然、化け猫と人間のハーフ・鍋島リリが現れ、いきなり学校を襲ってきて、東風までさらわれてしまった。リリの目的とはいったい？　その上、片桐くんそっくりの化け猫まで現れた！！　ところが、化け猫騒動に巻き込まれている最中にこももは、化け猫に正体をバラされ動揺し、片桐くんの目の前で消えていた姿を現してしまった！？　みんなに透明人間がばれてしまったこももの運命は……。