「大牙謙吾はどうした?」「さあー。あいつのことだから、今日もどこかで世界を救っているんじゃないですか?」一見普通の進学校、実は民間軍事会社グリークスが管理する海神学園。特進クラスに通うゲーム好きの少年兵・謙吾は、幼なじみの岩清水ユキナとともに、ヴェルトハイム公国から帰国した妹・涼羽を迎える。が、若くして公女フランシスカの家庭教師を務める涼羽は、何者かに狙われていた―。全身鎧GENEZを装備して戦う謙吾たちは、学園長の指示で、来日中の公女と涼羽の警護に就くが!?超弩級アクション開幕。

「お前まだやっとるんか。授業出てゲームで徹夜…体、壊すで」「大丈夫…厳しい訓練に耐えた体だ」「こんなもののために鍛えたんちゃうやろ!」海神学園特進クラスで訓練と青春の日々を送る大牙謙吾は、オンラインゲーム「ウェールズ年代記」にどっぷりハマり中。テストを忘れるほどのめりこみ、セブンと名乗る少女と仲良くなる。同級生のセルジュには怒られ、ユキナには嫉妬されて!?そんな折、ICPOからグリークスへIT系総合企業ウィルトゥスの調査依頼がくる。犯罪の臭いがするその企業は、謙吾の愛好するゲームの発売元だった。周囲は一気に戦闘モードになるが―。

海神学園学生寮―明け方、ユキナの部屋に怪しい影が!?「うわあああっ!」「お、おどろかせてすみませぬ」舌足らずな幼い声を発したのは、田舎にいるはずのユキナの妹分、佐鳥だった。「姉さま、大祭が近づいておりましゅ」大祭―それは実家の道場が行う重要な祭。学長の許可をもらい里帰りするユキナに謙吾、彩離、七湖らチームの面々が同行するが、そこは野宿必至の道なき道の先にある大秘境で!?一方、特進クラスの上級生、林は国際高速列車ユーロスターに乗り、「ある荷物」を護衛する極秘任務につく。それを少女・老人・黒人という謎の三人組が虎視耽々と狙っていた…。

初めての臨海学校!しかも海外!ユキナと七湖の心は弾む。成田空港を発って半日後―一行はセーシェル諸島沖合でゾディアック・ボートに乗っていた。「騙された…」あまりにハードな訓練に甲板であえぐユキナたち。これぞ海神学園名物臨海学校だった。といっても訓練だけの日々ではなくて。インド洋公海上で海賊に襲われた日本の船を謙吾たちが偶然助けたことで、学長のアイナからご褒美にレクリエーションを提案される。それは“バカンスを取る権利”を賭けたコスプレダンスパーティ。彩離が、ユキナが、七湖も大いに盛り上がる。そんな中、グリークスの軍用艦が何者かに爆破され、さらに謙吾の「GENEZ」が盗難に遭う―。

「久しぶり、お兄ちゃん」「涼羽…!」晩夏の海神学園に、謙吾の愛妹・涼羽が還ってきた!ヴェルトハイム公国公女に仕える彼女が来日したのは“こども学長”こと、高等部学長の厳島アイナの依頼によるものだという。アイナは“ギルガメシュそして、ナイチンゲールとは何か。また、この学園で関わった事件について―”謙吾たちから涼羽へ伝えるよう指示する。転校早々、幼なじみの謙吾と感動的な再会を果たしたエピソードや、謙吾の意外な過去について語り出すユキナ。瞳を輝かせて聞く涼羽。一方で謙吾はうろたえる。―学長命令とはいえ、俺のあの秘密が暴かれていいはずはない―。