首都・帝都。穏やかな夜の裏側で、人々の血肉を喰らおうと跋扈する異形の蟲と戦うのは、四神の戦士たち。しかし彼らの頂点に立つ、四神すべてに認められた戦士の座はもう何年も空いたままだった…。そんな時、一人の少年が現れる。彼の名は望月蒼司朗。一流の庭師を目指し、帝都城に試験を受けに来たのだが、試験の庭にはやたらと可愛いちびっこい動物がいて!?　四神が守護する帝都を舞台に、少年の運命が大きく花開く―。

帝都城のお庭番となった望月蒼司朗は、学生らしく高校生活を送りながらも、庭師としての修業やピヨ四神のお世話で大忙しな日々。そんな彼に、創立記念日にキネマを観に行かないかとのお誘いが。せっかくの休日、帝都観光も兼ねて従兄弟の清志朗や同級生たちと共に城下に出かけた蒼司朗。　一方その頃、若様の体調が突然の悪化……それは、帝都に蟲の穢れが溜まっている証なのだが!?　少年の運命が花開く、シリーズ第二弾!!

帝都城下を騒がせた蟲事件でピヨ四神に振り回され、己の力不足を痛感した蒼司朗。お庭番としてだけではなく、神官としての修行も始めることにしたのだが、慣れないことだらけで何をやってもうまくいかない。そんなある日、「審判の日」と呼ばれる儀式に立ち会うことになった蒼司朗は、帝都に隠された“光と闇”に直面する――!!　この世界に生きるため選び取るものとは!?　少年の運命が花開く、お庭番シリーズ・第三弾!!

実りの季節を迎えた帝都では、豊穣を祝う新嘗祭が大々的に行われる。しかし、賑わう祭事は帝を狙う格好の場でもあるのだ。続々と現れる不埒な輩を捕縛する中、小此木神官長は帝都神社へ運ばれる供物に、蟲入りのメロンが仕込まれたことを知る！　神官や四神の戦士たちは祭りで手が離せないとなれば、動けるのは蒼司朗だけ!?　蒼司朗とピヨ四神の蟲大捜索が始まった！　少年の運命が花開く、お庭番シリーズ・第四弾!!

師走。年末に向けて慌しくなる帝都では、一年の穢れを祓う大祓の行事前に大々的な「蟲呼びの夜」が行われる。冬休みに入った蒼司朗も、修業にピヨ四神のお世話にと大忙し！　しかし新嘗祭の夜以来、清志朗の様子がおかしい。何か隠しごとをしていないかと問う蒼司朗に、清志朗の答えは「してるよ」――!!　優しい人たちに、想いに触れて、彼らは(ピヨ四神も)成長していく。少年の運命が花開く、お庭番シリーズ・第五弾!!