日本秘密防衛組織、略してＪ。日本をいかなる大国からも守り抜く――それが彼らの役目なのである！組織には「大佐」と呼ばれる男を筆頭に、その下に３人の「JA」がいる。彼らはＪ機関の中でも選り抜きの秘密探偵なのだ。事件は各国のスパイ網が張りめぐらされ、密輸団が暗躍する国際都市ホンコンで起こった。Ｊ機関のS3号が敵対するＩ国のスパイに殺され、彼と会うはずだったS6号は、唯一の手がかり「飛鳥次郎」という少年を捜すことにした！

Ｊ機関の空母シー・アルプスに怪しい戦闘機が攻撃を仕掛けてきた！墜落させたその機体から回収された敵の死体の手の平にはダイヤのエースの入れ墨があり、そのしるしは秘密結社『赤い天使』の一味であることを表わしていた。一方、シー・アルプスに呼び出された飛鳥次郎。ある事件で殺されたJAの代わりに平隊士からひとりが昇格することになったため、JA昇格テストを受け、その中に紛れ込んだスパイを探しだすことが今回の彼の任務だった。

アメリカ南部の都市・テキサスで、黒人みな殺し計画が実行されようとしていた！それは黒人対白人の戦争に発展し、やがてアメリカの内戦を誘発させることになる――そのことで大儲けしようと企てたのは州の有力者でもあるバケットという男だった。大統領の特別命令を受けて乗りこんだJAは、その陰謀に気づきバケットの身辺を探ってゴーストタウンを訪れ、悪の手に落ちてしまった――次郎あやうし!!

日本で大事件が勃発！この事件にはすでにJAがひとり携わっているが手に負えず、海外から飛鳥次郎が呼び戻された。その昔、ヒットラーの手先であった毒ガス博士が日本に潜入したという情報により次郎に出動が要請されたまさにその時、大佐あてに先のJAの遺体が棺桶に入れられ届けられた!!恐怖の毒ガスを使って世界征服をたくらむ一味。毒ガス工場には敵の強力な防御網が敷かれている。JAは侵入することができるのか!?

孤児院出身のボクサー、スパーク・滝の命を何者かが狙っていた。タイで行われる世界チャンピオン戦を控え、余計な神経を使わせたくないというマネージャーは、命を狙われていることを知らせずに滝の命を守るよう飛鳥次郎に依頼した。そうとは知らない滝は次郎に対して横柄な態度を取り続けるのだが…。執拗に滝をつけ狙う殺人結社と、それを守るJAの必死の攻防の行方は!?