柳生石舟斎の孫・柳生兵介（後の兵庫助）は武芸に励みすくすくと成長していた。ある日柳生の里にやってきた流れ者に遭遇し、７歳の兵介は初めて人の肉を切ることになるのだが…

剣の真奥を求道し続ける小兵法の道を歩む祖父・石舟斎と、権謀術策に生きる大兵法の道を歩む叔父・宗矩。その生き方の違いを、幼き兵助は理解できずにいた。そんな状況の中、青年へと成長した兵助のもとに、兄・久三郎の死の報が舞い込む。しかし、その死はあまりにもあっけないものであった。その哀しき現実に、剣の道に生きる意味を失い、呆然とした日々を送る兵助の前に一人の女性が現れた…。

柳生新陰流三世となった兵庫助は加藤清正の随身の懇望を受け、肥後の国・隈本へと向かった。途中、海賊の襲撃を退け、隈本に到着した兵庫助は、清正からの侍大将の地位と実高三千石という破格の待遇を受ける。新参者の兵庫助をよく思わない家臣達の陰言の中、兵庫助は一揆征伐の命を受け、出陣する。柳生の庄を発ち、新たなる地へ!!　戦場においては槍一筋、刀一腰さえあれば何もいらぬ。ただ先へ先へと心掛けるのが功名を勝ち取る何よりの薬…。

様々な人々との出会いが、兵庫助の剣技を新たな高みへと導く――。己の未熟さを痛感した兵庫助は、侍大将の地位を返上し、加藤家を去った。伊賀忍者の木猿と千代を連れ、廻国修行の旅に出た兵庫助は、小倉へと赴き、祖父・石舟斎の兄弟子にあたる疋田豊五郎のもとを訪れる。そこで、兵庫助を待っていたものは新陰流三世となって初めての敗北であった。真の先を取る仕掛けに誤りはなかった。なのに何故負けたのか…何が悪くて打ち込まれたのか…。

富田流小太刀の技を知るために加賀に入った兵庫助。しかし、加賀藩の重臣たちの中には兵庫助を幕府の間者と疑うも者が多数いた。その中心人物で、老職に就く長十郎左衛門はついに配下の忍び・軒猿に兵庫助暗殺の指令を下す。身の危険を感じ、加賀よりの脱出を試みる兵庫助一行を、軒猿達の執拗な追跡が迫る。迫り来る軒猿の恐怖――山を棲家とし、山を知り尽くした恐るべき暗殺集団・軒猿が兵庫助の命を狙う!!