人の周囲にその人物の感情の “色” が見える高校生―― 希崎心弥。　彼は幼なじみの露草弓の初めての里帰りに同行することになり、徒帰島に向かった。　だがその島にはとんでもない秘密があった。　島民全員で一人の 「神」 を信仰していたのである。　そして弓の祖父に監禁された心弥は、恐るべき事実を知ることになる――　すなわち、この世には迷宮神群と呼ばれる神々がおり、今もその眷属と神々を狩る者たちの間で凄絶な争いが続いていると言うことを……！　『陰陽ノ京』 の渡瀬草一郎が贈る新境地！

井製薬の研究室で爆発事故が起こった。死者は一名――研究所の女性研究者・水本美春である。だがその事件の裏には隠された真実があった。死んだ水本美春は、迷宮神群と呼ばれる異形の“神々”の研究者であったという恐るべき真実が……！　事件は闇から闇へと葬り去られ、だがその現実を受け入れられないでいる少女が一人――水本冬華である。美春の妹である彼女は、神群の存在もそれに対抗するキャラバンの存在も知らないまま、事件の裏に隠された真実を知ろうと動き始めた。そして……！

無名の天才画家グランレイスの力を受け継いだ高校生・希崎心弥と、神群ハタニアスの影響で異能を手に入れた露草弓。徒帰島の異変で九死に一生を得た二人は街に戻り、キャラバンの援助を受けながら日常生活を始めた。だが、希崎心弥の力もまた迷宮神群――虹の屍・オルタフの影響を受けたものであった。そしてその力に目を付けたものが一人。彼――満月のフェルディナンはとある目的のため、希崎心弥を操ろうとする。そして……！　無名の天才――グランレイスを巡る謎が解き明かされていく……！！

実験室の子供達－－その異能が使われる時……！　甲院派の実験室で作り出された子供達――その一人である乾真砂(いぬい・まさご)は甲院派壊滅後、巡りめぐって東都まごころファイナンスに籍を置いていた。　だが、社長である華ケ瀬の死とともにそこを解雇され、そして次に彼が選んだ仕事は迷宮神群の研究者・榊糾(さかき・ただす)の警護であった。　一方、甲院派の大幹部であった仙崎竜太郎は、榊糾の持つ秘密を手に入れるため、ある“存在”の意志のもと、動き出す――！　キャラバン全体を巻き込む壮大なる事件――その幕が開いたことを知るものは、まだ少ない……。

甲院薫の復活―その事実はキャラバンを混乱の渦に叩き込んだ。　この機に甲院派の殲滅をもくろむ山之内派に対し、真砂は甲院に乗っ取られた由姫を救うため組織を無視した別行動を開始する。　果たして甲院薫は何処に身を隠し何を行おうとしているのか。　かつて研究所での日々をともにした仲間との再会を経て、真砂たちが行き着いた先は！　様々な人々の思惑を絡めて始まった戦いは、今、混沌と激しさを増していく！