夏目智春は、幼なじみの幽霊少女に憑かれている平凡な（!?）15歳。高校入学の前日、黒服の美女からトランクを手渡される。その中には、謎の兵器 “機巧魔神” が入っていて……。“機巧魔神(アスラ・マキーナ)” を使って世界を救うために悪魔を滅ぼせ、と命令されて大弱りの智春。しかも、その兵器を狙って自称・悪魔の巫女と、生徒会長が戦いを仕掛けてきて大ピンチに!?

夏目智春は、ごく平凡な15歳…… のハズだったが、幼なじみの美少女・操緒の幽霊に取り憑かれ、さらに彼女が、“機巧魔神(アスラ・マキーナ)” という、とんでもない兵器になることが判明！ かくして、戦いとスリルに満ち溢れた、非凡な毎日を送ることとなった。ある日のこと、智春が通う洛芦和高校で、恒例の新入生合宿が開催された。それは、お気軽な学校行事のはずだった。目的地ののどかな湖に謎の未確認生物が出現するまでは――。そこで第一生徒会は、智春たち科學部の一行に怪獣退治を依頼する。期限はわずか３日間。しかも遭遇した未確認生物は、智春の “機巧魔神” でも歯が立たないような化け物で……。

その日、帰宅した智春の下宿の庭には、なぜか朱浬さんが行き倒れていた。全身ずぶ濡れ、しかも意識不明。とりあえず家に運びこんではみたものの、目覚めた彼女の様子がおかしい。どうやら記憶をなくしているらしく、別人のような性格になっていたのだ。朱浬さんの記憶が戻るまで、彼女を家に泊めて面倒を見ることにした智春たちだが、やけに従順で無防備な彼女にペースを乱され、過労がたたって今度は智春がダウン。発熱の影響で操緒が眠りについて、機巧魔神（アスラ・マキーナ）が呼びだせなくなってしまう。そんなとき謎の人形遣いの襲撃を受けて、智春たちは絶体絶命の大ピンチに！ 機巧魔神が喚び出せない智春と記憶のない朱浬。戦力半減の科學部は、この危機を乗り切ることができるのか!?

洛高で盗難事件が発生した。犯人は「下着男（ハーメルン）」の異名を持つ超凄腕の下着泥棒。被害の規模は下着数百枚。怒りに燃える朱浬の命令で、智春たちは犯人逮捕のために動き出す。そんな折、智春たちのクラスに金髪美少女の留学生がやってきた。彼女の名前はアニア・フォルチュナ。見た目は満十歳のお子様だが、実は天才少女というアニアに戸惑う智春たち。彼女の正体は科学狂会が呼び寄せた「運喰らい」の悪魔、そして機巧魔神（アスラ・マキーナ）の秘密を知る者だった。そのころ学生連盟は、無差別に悪魔を襲撃する「悪魔狩り」の犯罪者を追っていた。ＧＤの演操者たちでも倒せないその犯人は、魔神相剋者と呼ばれる禁忌の存在。圧倒的な戦闘能力を持つ強敵から、智春は奏やアニアを守り抜けるのか――!?

クラスの美化委員としてプール掃除に駆り出された智春と操緒は、美化委員長の小動物系美少女、沙原ひかりとともに排水口トラブルの調査に向かった。度重なるトラブルで広大な地下水路に迷いこんでしまった三人は、わざとらしくも奇妙な妖怪たちの襲撃を受ける。絶体絶命のピンチを切り抜けることで、親密な雰囲気になっていく智春とひかり。しかしそこには、第二生徒会の仕掛けた狡猾な罠が張り巡らされていた。一方そのころ機巧魔神（アスラ・マキーナ）について調べていた科學部の面々は、図書室の地下書庫から続く謎の地下遺跡を発見していた。強力な守護者に護られたその遺跡には、二巡目の世界と副葬処女（ベリアル・ドール）の秘密を解き明かす鍵が眠っていた――