モデル仲間とディスコで気楽な一夜をすごす……はずだった。だが、その夜はスペースコロニー「KAI」のトップモデルTAKUYAの運命を決定的に変えてしまった！　有島拓也の前に現れたエメラルドの瞳の美少年、深沢世羅。拓也はひと目で熾天使セラフィムに恋し……そして、セラもまた……。しかし二人の愛の暮らしも長くは続かなかった。ある日、突然セラは失踪……そして、再び拓也の前に姿を現したセラは、まったくの別人だった……!?　二人の恋人を翻弄する巨大な陰謀とは？

世紀末シティ・トキオ。シンジュクでは、ストリート・キッズのグループが、激しい闘争を繰り広げていた。レンは、新興勢力グループ「レッド・ドラゴン」のヘッドだ。ダーク・イーストとの抗争のさなか、レンは、敵のヘッド、イサミの手に落ちてしまう。強引に凌辱されたレンは、50メートル離れると作動するというLB（ラヴァーズ・ボム）を仕掛けられ、イサミから逃げられない。レンを狙っていたのは、イサミだけではなかった。レンの遺伝子が持つβ―40の秘密をめぐり、巨大な組織が暗躍していたのだ!!

「β―40」を発現させ「目覚めたる脳（ハイパー・ブレイン）」の所有者となったレンは、大深度地下都市（ジオポリス）の進化科学研究所で、イサミと能力向上の訓練をしていた。レンの頭脳を狙う者は多く、セラのアシストのない状態では、いつレンの能力が爆発するかわからないのだ。そんな時、シティ・トキオから緊急連絡が入った。レッド・ドラゴンの本拠地、ハルミ・テレポートタウン跡地で、乱闘が起こっているという。警備網を突破し、イサミと地上に舞い戻ったレンが見たのは、バラバラに分裂したグループの姿だった！

百余年に及ぶタケルへの愛と野望を実現するため、カース＝マハール率いる企業体エイジアは、国連に対し宣戦布告した。カースの要求は、進化科学研究所の独立と、地球及び月領域におけるすべての主権を彼に委ねること。なぜかエリアスと同じ容貌を持つカースの秘密を暴き、レンを奪回しようとするイサミは、敵の本拠地・進化科学研究所に侵入することを決意する。一方、捕らわれのレンは地底王国（ジオ・キングダム）でカースに蹂躙されていた。カースの目的は、タケルの脳をレンに移植することだった!!

シジフォスの罠とは知らずに進化科学研究所へ侵入し、囚われの身となってしまったイサミ。彼を盾にして企業体エイジア総帥カース＝マハールは地球改造計画（テラフォーミング・プロジェクト）への「目覚めたる脳（ハイパー・ブレイン）」の協力をレンに迫る。そのころ、国連事務総長は国連軍を率いてエイジアの本拠地・地底王国（ジオ・キングダム）をレンもろともに攻撃する決意をし、それを聞いたセラはレン救出のためにアリシマ・グループの私設軍を率いて地底王国へ突入する決定をした。地球と人類、すべての運命の鍵を担わされてしまった少年レンが選ぶ道は!?