尖閣を巡る領土問題、歴史認識問題、そして首相の靖国参拝。日中の関係は、国交正常化以来《最悪》といわれるところまで冷え込んでいた。双方の国民感情も爆発寸前の中、ついにある事件が長崎で起こる。元自衛官を中心にしたグループによる中国総領事館占拠と、中国高官の子どもたちが乗る飛行機のハイジャックだ。自ら七七義勇隊を名乗る犯人らに対し、穏便な解決策を探る日本政府。激怒した中国は、海軍を日本へと進める――。一触即発の現地では、西方普連に異動となった司馬、そして土門を隊長とする新体制《サイレント・コア》部隊が動き出すが……。新シリーズ開幕！

ハイジャックされた春暁航空８８８便と、長崎中国総領事館を乗っ取った犯人グループは、同時刻に双方が自爆した。結果、飛行機に乗っていた中国高官の子供たち約百名、総領事館にいた副首相夫人など、多くの犠牲者が出た。その様子は、リアルタイムで全世界に配信され、中国メディアはしきりに開戦を煽り立てる。一方、《サイレント・コア》部隊は、謎の敵から襲撃を受け、本体は千葉の山中に、姜彩夏三佐が率いる小隊は長崎へ足止めされるという異例の事態に。そんな状況下で、中国軍がとうとう五島列島の福江島に上陸し――？

総理大臣の引責辞任の甲斐なく、激昂した中国軍は戦闘機を出し、九州の自衛隊基地を爆撃。長崎福江島のレーダー・サイトも破壊され、第一戦は中国軍の完全勝利となった。結果、中国軍が上陸した長崎県は、国の許可なく「非武装都市宣言」を行う事態に。一方、応戦する自衛隊は、住民被害を出さずに戦うというハンデを背負い、またテロ・グループにも気を配らなければならず、苦戦を強いられる。そんな中、《サイレント・コア》部隊は、福江島から撤退した姜小隊、そして千葉で隠密活動を続けていた原田小隊も漸く長崎入りし、ある作戦の元、動き始めた――。中国との熾烈な鍔迫り合いの行方は？

中国軍のミサイル攻撃で、関門橋が落とされた。完全に孤立する九州では、長崎に次ぎ、福岡も降伏宣言を出す事態に陥る。日本は戦力を、北の佐世保に集中するが、中国軍は、第二戦線を構築すべく、南の熊本・鹿児島に兵を進めた。そこで立ち上がったのは、鹿児島県知事だった。薩摩隼人の誇り、日本陸海軍を作った武人の国としての誇りを示せと、堂々たる演説を行い、更にはレジスタンスを募ったのだ。中国軍に正面から宣戦布告をした結果、鹿児島に集まったのは、自衛隊ＯＢを中心とした〈義勇兵部隊〉２千余名。郷土防衛は、成し遂げられるのか――？

南九州に攻め込む中国軍に対し、「郷土防衛」のため立ち上がった鹿児島県民は、知事の策と、元自衛隊員を中心とする〈義勇兵部隊〉の決死の突撃により大きな戦果をあげた。しかし、すぐに中国軍は万の兵力を送り込んでくる。中には、狙撃兵の姿も……。漸く現場に駆けつけた〈サイレント・コア〉原田小隊は、狙撃兵を交えた、これまでとは異なる高度な戦闘に巻き込まれることに。一方、熊本県八代でも新たな戦端が開かれようとしていた。「薩摩の連中などに負けるか！」そう熊本城前で決起した〈熊本の義勇軍〉が、八代に入り込んだ敵戦車の駆逐に挑むが……？