ＵＳＮＡの最強魔法師部隊『スターズ』総隊長、アンジー・シリウス少佐こと、魔法科高校交換留学生・リーナ。彼女の訪日と同時期に発生した『吸血鬼（パラサイト）』事件は、彼らによる魔法科高校の襲撃、達也によるその撃退という結末で幕を閉じた。　しかし『パラサイト』本体は『宿主』から抜け出しこの世界を漂い続け、そして次の宿主を見つけ出した。　ヒューマノイド型ホームペルパーロボット。　付近にいた光井ほのかのパターンをコピーしたパラサイト＝ピクシーは、その生まれから、達也に付き従うことを決める。　ピクシーからの情報により、『パラサイト』をより深く理解した達也は、深雪らを連れ、残りの『パラサイト』を退治すべく、夜の青山霊園へと赴く。しかしその行動は、さらなる暗躍勢力をあぶり出す結果となり――。　『最強の魔法師』と別次元からの『来訪者』を巡る激突は、魔法科高校を舞台に最終決戦を迎える！

西暦二〇九六年四月。司波達也と深雪は二年生に進級した。今までの目覚ましい活躍と実績が考慮され、今年度から新設された魔法工学科コースの生徒となった達也は、深雪の意向で彼女と同じく生徒会副会長にも抜擢される。　今年こそ、深雪と共に平穏な学校生活を……と考えていた達也だったが、『新入生』たちはそれを許さなかった。　七宝琢磨。入試成績トップとして、今年度の新入生総代を務めた『エリート』で、十師族の脇を固める師補十八家の一つ『七宝家』の長男。　七草香澄、七草泉美。十師族のひとつ『七草家』の長女・七草真由美の双子の妹たち。　同じの数字を持つ『ナンバーズ』の三人が、魔法科高校で波乱を巻き起こし――。新展開突入！

西暦二〇九六年、七月。今年も、魔法科高校生にとって夏最大のイベントである全国魔法科高校親善魔法競技大会、通称『九校戦』が開催される。しかし今年の『九校戦』はひと味違っていた。　競技種目及びルール改定。　本番まで残すところ一ヶ月の段階でもたらされた何の前触れもない大幅変更に、魔法科高校各校は慌ただしい対応を迫られる。　そんなある日、九校戦の作戦立案に当たっていた達也の元へ、匿名のメッセージが届けられる。　それは、九校戦を舞台とした新たな陰謀の存在を示唆するもので――。　華やかな競技の裏で繰り広げられる暗闘。昼なお暗い富士の人工樹海を駆け抜ける達也が、背信の陰謀に挑む！　『二学年度の部』九校戦編登場！

『九校戦』の“裏側”で起こった『パラサイドール』事件の黒幕の一人・周公瑾は、横浜から逃亡し、京都を中心とする古式魔法師集団「伝統派」の元に潜伏、姿をくらました。　そして二ヶ月が経ち──。　『全国高校生魔法学論文コンペティション』の季節がやってきた。新京都国際会議場で開催される日本魔法協会主催『論文コンペ』の一高代表に選ばれた達也の許へ、四葉真夜の書状を携えた黒羽姉弟が訪れる。手紙の内容は「周公瑾の捕縛に協力して欲しい」という要請だった。　何故、いつもの『命令』ではなく『依頼』だったのか疑問を覚えながらも、達也と深雪は「伝統派」の対抗勢力の中心である九島家を目指す。そこで、二人は『作られた天才魔法師』との運命の出会いを果たし……。　古都を舞台とした謀略と暗闘。魔法師開発の歴史の裏で燻り続けてきた因縁に、達也と深雪とその仲間たちが挑む。

全国高校生魔法学論文コンペティションを間近に控えた九月下旬。四葉家当主・四葉真夜による「横浜から逃亡した周公瑾の捕縛に関する協力依頼」を受け、京都に来た司波兄妹は、九島家を訪れる。　そこで達也たちは深雪と同質の美貌を持つ少年魔法師、九島光宣に出会う。その光宣と共に周の捜索を行うも、手がかりは未だ掴めてはいなかった。　そんな折、七草家のボディガード・名倉の訃報が達也たちのもとへ届く。京都の桂川河畔にて斃れたという名倉の弔い合戦として、周捜索に真由美も参戦、事態は動き出す。　そして、ついに周の潜伏先を突き止めた達也は、とある過去の強敵（ライバル）へと連絡を取るのだった。　『クリムゾン・プリンス』一条将輝、『四葉の最終兵器』司波達也が共闘！　緊迫の古都内乱編、完結！