満場一致特別試験の代償は大きく、綾小路たちのクラスには大きな亀裂が入ってしまった。櫛田、長谷部、王の３人が学校を連続欠席。体育祭の詳細が発表されるが、堀北への反発からミーティングは紛糾、綾小路クラスは練習すら始められない。大きなポイントを得てクラス昇格を果たしたはずが、このままではマイナスの結果になりかねない。３人の生徒のクラス復帰に向けて堀北や平田が動き出すが……。一方個人の実力が大きく影響を及ぼす今回の体育祭。小野寺は最良の結果を求め、須藤との共闘を申し出て――!?　
「私は認めない。この先何人が堀北さんを認めたとしても、私は絶対に認めない」
選択の先に待つ未来は光か闇か。

体育祭が終わり、高度育成高校初の文化祭が迫っていた。クラスに壁を作る長谷部や三宅、そして高円寺のような非協力的な生徒がいつつも、メイド喫茶の準備を秘密裏ながらも着々と進める綾小路たち。だが龍園はその動きを見逃さず堀北クラスとの協力契約を突如破棄。龍園クラスもまたコンセプトカフェの開催を宣言、さらに売上での一騎打ちを要求する。
一方、Ａクラスへの可能性を失った自クラスに失望した神崎、そして綾小路に対決を反故にされ様子の変わった南雲生徒会長。２人に綾小路が自ら働きかけを始め――!?　「南雲生徒会長に提案があります。今度はオレから生徒会長へ勝負の提案をさせてもらえないでしょうか」

期末試験も終わる１１月下旬、修学旅行の詳細が発表された。
行先は北海道。特別試験は存在せずスキーや観光など通常の修学旅行と変わらない。だが各クラス男女で２名ずつ合計８名がグループとなり４泊５日の旅行中行動するという特殊なものだった。綾小路は櫛田の他、まさかの龍園など他クラスの面々とグループを組むことになる。だが事はそう簡単に進むわけもなく「おまえ何か勘違いしてんじゃねえだろうな、綾小路」「勘違い？」「既に俺と坂柳の前哨戦は始まってんだよ」波乱を感じさせるもので――!?　一方、生徒同士の関係を大きく変えるイベントも進んでいた。「俺は―――鈴音に正式に告白する。付き合ってくれって」

修学旅行も終了した１２月、２学期最後の特別試験・協力型総合筆記テストが発表される。
内容は１人ずつ交代で試験問題を解き、最終的にクラス全員で全１００問のテストを解くというもの。堀北Ｂクラスは坂柳Ａクラスとの対戦となる。
試験準備が始まる中、南雲が次期生徒会長を決めると宣言する。２年生の生徒会メンバーは堀北と一之瀬。立候補を問われるも一之瀬の意思は生徒会自体を辞めるというものだった。
新たな生徒会メンバーの確保という問題の他、鬼龍院を狙った万引き偽装事件も発生し、生徒会周辺も慌ただしくなっていく。
『無理してないから。……私も、綾小路くんに会いたい……』
学園黙示録は新たな混沌へ――。

高度育成高校での二度目の冬休みがやってきた。軽井沢とクリスマスのプレゼントを買いに行くという約束は、軽井沢のインフルエンザにより崩れ、綾小路はイブからの数日を１人で過ごすことになった。
そんな中『えっと、今日、綾小路くんの昼間の予定ってどうなってるかな』、『それは会ってからのお楽しみにいたしましょう。お部屋にお伺いしても？』『この後ちょっと顔を貸せ。30分後にケヤキモールの北口だ』、各クラスリーダーからの電話が絶えない状況となっていた。
一方「綾小路くんってただ暗めなクラスメイト……じゃないでしょ。隠し事があるっていうか」クラスメイトの間で綾小路に関する議論が行われ始め――!?