「ボクは三億円事件の犯人の息子です」――1968年12月10日に起きた昭和史最大の未解決事件、三億円事件。大規模な捜査が行われたが、7年後に時効を迎えた……。そして時は流れ現代。1人の少年が瀕死の老刑事に「おまえの父親は、三億円事件の犯人だ」と告げられた!!　運命の輪に巻き込まれた少年は、三億円事件の謎を明らかにできるのか!?　列島縦断クライムサスペンス!!

2004年、瀕死の老刑事に「おまえの父親は、三億円事件の犯人だ」と告げられた少年は、2010年高校1年生に。そんな彼は父親が残した剣道着の垂れから三億円事件のものと思われる五百円札を発見してしまう。さらに数日後、育ての親である小田切（おだぎり）夫妻が失踪してしまった。運命の輪に巻き込まれた少年は日常を取り戻すため、真実を知るため、三億円事件の謎に挑戦する!!　謎が謎を呼ぶ。罪が罪を引き起こす。列島縦断クライムサスペンス。

2010年、幼少時に瀕死の老刑事から「おまえの父親は、三億円事件の犯人だ」と告げられた少年・大和（やまと）は、「三億円事件の真相」を知っていると思われる殺人警官・関口（せきぐち）に人生を滅茶苦茶にされてしまう!!　生きるために、真相を明らかにするために大和は反撃に出るが……!!　そして時は三億円事件の2年前、1966年－－。すべては、この時から始まっていた－－。列島縦断クライムサスペンス!

「三億円事件の真相」を知っていると思われる殺人警官・関口（せきぐち）に冤罪をかけられ追われるハメになった大和（ヤマト）。生きるために、三億円事件の真相を知るために大和は反撃に出るのだが……。蠢く泰成（タイセイ）、謀る関口！“神の島”にて未来（ミク）を待ち受けるのは……地獄！！“三億円事件の犯人の息子”大和、その真相に近づくことができるのか！！？列島縦断クライムサスペンス！！

「三億円事件の犯人の息子」であるという大和（やまと）。殺人警官・関口（せきぐち）に冤罪をかけられ逃走するも、何者かの助けもあり、広島県の厳島で関口を捕まえることができた！！しかし、形勢逆転を果たした大和を、最悪の罠が襲う！！彼が疑わなくていいのは、事件を知る老刑事が告げた“誰も信じてはいけない”という言葉のみ――。“はじまりの地”で、大和は新たな真実を得ることができるのか！？