近くて、遠い未来。人類は「箱船（アーク）」の中でその生存活動を維持していた。その中で探偵事務所を営む日本人の生き残り、紫堂縁。そんな彼の事務所に舞い込んだ依頼は「人探し」。傷害と窃盗容疑の男を捕らえるだけの仕事のはずだったが、男を縁の目の前でその正体を現す。そして忍び寄る巨大な陰謀の影……。果たして縁に勝機はあるのか！？『ラグナロク』の天才作家・安井健太郎が贈る新シリーズ、ついに始動！

９番目の箱船（アーク）で探偵業を営む忍術使い、紫堂縁の下へ１人の少女が現れる。少女の名はアンジェラ。彼女を狙い魔術結社“セフィロト”がその牙を剥く。縁は魔導士たちと死闘を繰り広げるが縁の前に現れた魔導士は、かつて苦楽を共にした親友ノエル。しかも相棒レベッカは「変異」を発症し人ならざる者になりつつある。変異を防ぐには薬を手に入れなければならない。しかしそこに復讐に燃えるノエルが立ちはだかった！！

突如現れた赤い女によって、友はみんな殺された。しかもそれは親友ノエルと魔術結社“セフィロト”によるものだった。　そして時は流れ、魔術結社“セフィロト”の手先となったノエルは、すべての物質を破壊、再生できる少女アンジェラを狙って再び縁の前に姿を現す。レベッカを人質にとられ、縁は罠だと知りつつもノエルの待つ超高層ビルに向かう。忍者は友を殺せるか！？

ノエルとの戦いによって、右腕と右眼を失った縁の前に謎の武装集団が襲いかかってきた。アサルトライフルで武装した男たちは、喫茶店を吹き飛ばし、やがて姿を消した。その後、縁の前に、二人の少女が姿を現す。彼女たちは紫堂家の分家・規那と茉莉花だった。"犬神一来"から匿って欲しい、と。かつて紫堂家に仇をなし、縁の妹を殺したその男の名を、縁は忘れたことがなかった……。

紫堂家の分家・天華規那と鈷条茉莉花を狙って襲ってきた“犬神一来”。縁は瞳に宿した“ブロード”の力を使い、一来たちを追い詰めていくが、最強の変異傭兵エスメラルダも一来の攻撃に左足を失う。最後の刻を前に、一来の下に集まる人か獣か妖しい種族たち。人々は彼らをおそれてこう呼んだ。黒い霧の向こうから来た“闇の種族（ダーク・ワン）”と。紫堂縁、最後の忍術が轟き渡る!!