昭和11年、陸軍皇道派青年将校らによって起こされた二・二六事件。だがこの反乱は昭和天皇に、自らを利用しようとする軍の暴走を阻止することを決意させた。大権の発動によって、日本は満州国の自立を認め、中国においては蒋介石との講和を目指すことになったのだ。一方、この方針転換によって不利益を被ると考え、対日戦争開始のチャンスを虎視眈々と狙う合衆国だったが、突如ハワイ島を襲った天変地異によって、真珠湾の太平洋艦隊が大打撃を受けてしまう。太平洋における戦力低下に焦った米大統領は、先手をとるべく連合艦隊の進出するトラック環礁を奇襲。ついに太平洋戦争が勃発したのだ。米海軍は五航戦の反撃によって空母を喪失。帝国海軍はこの機に乗じて、トラック基地からさらなる南進を目論む。だが、珊瑚海に進撃した五航戦を待ち受けていたのは、いないはずの米空母から発進した艦載機の怒涛の反撃だった。

昭和17年、破竹の南進を続ける日本軍は米豪間の遮断作戦を断行。五航戦と第一機動部隊の活躍によって南太平洋の英米艦隊を殲滅した攻略軍は、ニューギニア島のポートモレスビーおよびガダルカナル島を上陸占領した。次なる標的はハワイである。時機到来と見た連合艦隊司令長官・山本五十六は異例の最前線進出を決意。戦艦大和に座乗した山本は、直率の南雲艦隊の縦横無尽の機動力でオアフ島を奇襲し、米太平洋艦隊を完膚なきまでに叩き潰すことに成功する。日本はこの機に米国に休戦交渉を要請。だが徹底抗戦の姿勢を貫く米国がこれを拒否したため、戦局はさらなる混迷の状況を呈してきた。早期講和への道を探る天皇と首脳たち。山本は苦悩する天皇の意を酌み新たな作戦を企図する。米本土に脅威を与えるその想定外の戦略とは?そしてそれを察知して動きだしたドイツの思惑とは?嵐を呼ぶ戦いの幕が今切って落される。

昭和17年、南太平洋の制海権を奪った連合艦隊は司令長官・山本五十六が直率する南雲艦隊の縦横無尽の機動力で米太平洋艦隊を叩き潰すと、休戦交渉を開始した。だが米国はこれを拒否、徹底抗戦の構えに出る。山本は局面を打開すべく、米本土に直接脅威を与える作戦を企図。全艦隊を駆使した奇想天外の戦略によってついにハワイ占領に成功した。一方、日本との軍事同盟を熱望するドイツだったが、日本政府はこれをつっぱね、目論見が破れた第三帝国も次第に動揺し始める。米独二国の消耗によって大きく動き始めた戦局。いよいよ窮地に追い込まれた合衆国大統領ルーズベルトは、原子爆弾の使用を決意。屈辱的講和を避けるべく、オアフ島に向けてB29を発進させた。最大の危機を迎えた連合艦隊の運命は?シリーズ完結編。