空母陸奥とはみ出し野郎たち!!数奇な運命をへて空母に改装された『陸奥』。山本長官の密命によりミッドウェイに出撃するが、任務は囮。だが、愚連艦隊と恐れられる猛者たちが、そんな任務を黙って受け容れるわけがない。奇襲得意の大官寺少将に率いられ、激闘続くミッドウェイ海域に幾多の波乱を巻き起こす!!

アメリカ太平洋艦隊から捕獲、改造した特設巡洋艦『普賢』と万能水上戦闘機『麗雲』を戦力に加え、新編成なった愚連艦隊。意気揚々と思いきや、新兵たちに振り回されて、混乱のうちに出陣とあいなった。今次作戦は、山本五十六大将直卒の陸海軍初めての合同軍事行動だ。悲願のガダルカナル島奪還にむけて、帝国連合艦隊が南海の蒼い波涛を蹴り進む。愚連艦隊も堂々の出陣、陸戦隊もガ島上陸を果たし大戦果を挙げた。しかし、これで終わらぬのが愚連艦隊。次なる獲物を求めて、太平洋を駈け巡る。

オーストラリア、ニュージーランド両国との講和に大きな役割を果たした愚連艦隊は、晴れて正規の独立特務艦隊に昇格。南洋海戦で接収した戦艦ワシントンをはじめとする最新軍備を用いて戦力を増強し、連合艦隊司令長官・山本五十六大将の悲願であるハワイ攻略作戦に出撃する。一方、米軍は貴族出身のエリート海軍大佐アランが私費を投じて率いるタイフーン艦隊を擁し全面対峙。南太平洋に新たな嵐の予感がはしる。

昭和十八年暮れの大和の特攻により壊滅的打撃を受けたアメリカ太平洋艦隊司令部は、本土西海岸に後退せざるをえなかった。一方、わが帝国海軍も戦力の大半を喪失していた。しかしながら、独立愚連艦隊は依然として健在である。今では陸海軍に次ぐ第三軍として艦首に菊の御紋章を戴く堂々とした軍隊であった。大本営もついにその実力を認め、連合艦隊主力を囮としてパナマ運河を攻撃させ、愚連艦隊に主作戦たるアメリカ西海岸強襲作戦を下令する。司令長官・大官寺大将は勇躍、全艦隊を率いて太平洋を東へと向かう。ところが一筋縄ではいかない彼のこと。知謀か奇謀か。またしても想像を絶する作戦を決行するのだった。今回の奇策の犠牲となるのは果たして誰か。

昭和20年春、惨めな敗退をつづけるアメリカ軍は、乾坤一擲、ストライクバック「逆襲」作戦を発動した。大日本帝国に占領され独立したハワイ王国の奪還を目論んだものだが、真の狙いは、休養する愚連艦隊司令長官・大官寺を捕虜とし、アメリカ最大の軍産複合企業シュナップ社のオーナー・グランドの一人娘・マリアと人質の交換をすることにあった。アメリカ軍の奇襲は在ハワイ駐留日本軍に多大な損害を与え、成功するかに見えた。大官寺失脚を望む大本営陸海軍部は、愚連艦隊主力部隊の出動を禁止し、大官寺の命運も尽きたかに思われたが、彼には秘策があった。極秘暗号が全世界に向けて発せられた。命令を無視して駆けつける愚連艦隊主力、アメリカ太平洋艦隊、そしてパナマに駐留する愚連艦隊別動隊が、東部太平洋に激浪を巻き起こす。果たして決戦の結果はいかに。