前作の主人公であった剣桃太郎（つるぎ・ももたろう）の息子と新たなる塾生達が活躍する「魁！！男塾」の続編。渋谷センター街を行進していた男塾塾生達は、彼らを馬鹿にした茶髪の若者らに制裁を加えていくが、そこへ現れた青い目をした青年に全員がぶちのめされてしまう。同じ頃、男塾塾長の江田島平八（えだじま・へいはち）に会いにきた剣桃太郎は、自分の一人息子・獅子丸（ししまる）を男塾で預かってほしいと言って……！？

夜間外出した塾生の軍平（ぐんぺい）が、暴走族「金蜥蜴（きんとかげ）」との喧嘩で殺されてしまう。その話を日登（ひのぼり）から聞いた剣獅子丸（つるぎ・ししまる）は、軍平の最後の言葉から、教官の鬼ヒゲが軍平のオヤジではないかと考える。そして怒りに燃える男塾一号生達は、金蜥蜴と全面戦争に突入して、いくつかのチームを全滅させるが、息子の仇を討とうとした鬼ヒゲが人質に取られてしまい……！？

十年に一度、世界各国を代表する若者が、男の器を生死を賭けて競う「ワールド男杯」。ヘリコプターから吊られたロープに掴まって中国まで渡るという選抜試験で、剣獅子丸（つるぎ・ししまる）、黒巣信長（くろす・のぶなが）、赤石十蔵（あかし・じゅうぞう）の三人が日本代表として選ばれる。そしてアトラクションで敢闘した信長を休ませて、本戦第一種目「闘蛮雀（とうばんじゃん）」に出場した獅子丸と十蔵は……！？

本戦第二種目で張悟空（ちゃん・ごくう）と対戦する剣獅子丸（つるぎ・ししまる）は、最終究極超奥義で巨大化してゴリラのように変身した悟空に大苦戦する。根性の一撃で悟空をダウンさせた獅子丸は、硫酸の池に落ちそうになった悟空を助けようとするが、悟空は獅子丸を巻き添えにするまいと自ら身を投じていく。そして悟空の死を悲しむ獅子丸は、次のアントニオとの対戦で、心の乱れが技に出てしまい窮地に……！？

対戦相手のレモニスタンが放った猛毒サソリに刺され、自らの足を切り落として毒から身を守った赤石十蔵（あかし・じゅうぞう）。それでも戦い続ける十蔵の肩に乗る剣獅子丸（つるぎ・ししまる）は、父・桃太郎（ももたろう）から贈られた伝説の至剣「漢魂刀」を抜く事ができず、窮地に追いつめられていく。そんな時、自らの胸を刀で貫いた十蔵の男塾魂を見て血の涙を流した獅子丸は、ついに漢魂刀から認められて……！？