将軍・家慶の公儀御庭番である菅沼外記は、老中・水野忠邦の命により、佞臣・中野石翁を罠に嵌めるが、口封じのために水野に命を狙われてしまう。外記は試練を経て、水野とその配下の御目付・鳥居耀蔵の悪政を正す「闇御庭番」として生まれ変わる。家慶の密命を帯び、仲間とともに巨悪に立ち向かう正義の男。時代小説の醍醐味が詰まった傑作シリーズ、ここに始まる。（『闇御庭番　江戸城御駕籠台』改題）

老中水野忠邦と目付鳥居耀蔵の悪政を正すべく将軍家慶の「闇御庭番」となった菅沼外記。卑劣な「三方領知替」の計画を実現させようと庄内藩に隠密を放った水野らの企みを阻止すべく、家慶の命を受けた外記らは芭蕉の『おくのほそ道』を辿る旅に出る。道中、隠密たちとの攻防と知恵比べの果てに、酒田湊でついに決戦！　時代小説の醍醐味が詰まったシリーズ第二弾。（『闇御庭番　天保三方領知替』改題）

闇御庭番・菅沼外記は新潟湊を訪れ、薩摩藩の御納戸役が、豪商の北国屋へ一つの壺を手渡すのを目撃する。それは一国を滅ぼしかねない危険な「抜け荷」だった。その流通を阻止しようとする外記の前に、次々現れる敵。一方江戸では、老中・水野忠邦の進める強引な奢侈取締まりが、悲しい殺しを引き起こす――。手に汗握る騙し合いと悪党退治。痛快なシリーズ第三弾。（『闇御庭番　妖怪南町奉行』改題）

将軍直属の闇御庭番・菅沼外記は、江戸に流入する危険な抜け荷品の実態と、その流入経路を探る密命を受ける。棒手振りの義助は、魚河岸で仲間が死んだ背後に不審な犯罪の匂いを嗅ぎ、浅草奥山に小屋を張る唐人一座の花形・ホンファに魅了された春風は、怪しい廃寺へと導かれていく――。同様に事件を追う南町奉行の鳥居耀蔵と外記らの、新たな決戦が幕を明ける！

五年前の乱で死んだ大塩平八郎の名を騙り、江戸で打ち壊しが発生、老中・水野忠邦が襲撃される。不思議な術でそれを助けたのは、芥川源丞という侍だった。折しも箱根山中では、幕閣を揺るがす密書が見つかり、将軍直属の闇御庭番・菅沼外記は背後を探ることに。密書を追ううち明らかになる芥川の正体。そして芥川の秘術と菅沼流気送術、二つの流儀が直接対決に！