17世紀、江戸初期。幕府による激しいキリシタン弾圧下の長崎。
日本で捕らえられ棄教（信仰を捨てる行為）したとされる高名な宣教師フェレイラを追い、弟子のロドリゴとガルぺは日本人キチジローの手引きでマカオから長崎へと潜入する。そこで想像を絶する弾圧に驚愕しつつも“隠れキリシタン”と呼ばれる日本人に出会う。キリシタンであるがゆえに次々と犠牲になる人々。守るべきは信念か、目の前の弱々しい命か。ロドリゴの心に迷いが生じたことでわかった、自分自身の弱さ。
追い詰められた彼の決断とは…。