偶発的事故により研究所から逃げ出した、突然変異体の少女「にゅう」。全裸状態で流れ着いた浜辺でにゅうはユカとコウタに遭遇。家にかくまわれるが再び逃げ出す。研究材料のにゅうを失った蔵間は特殊部隊SATに捜索を依頼。人間兵器と呼ばれるSATの坂東はにゅうを発見するが恐ろしい事態が…！

「にゅう」をかくまうコウタとユカだが、二人の間に微妙なすれ違いが生じる。幼い頃の記憶をなくしていたコウタ。その原因は過去の悲惨な事故にあったが、コウタはそれすら覚えていない。一方、戦闘でにゅうと接触した坂東は蔵間から去勢手術を告げられる。蔵間はにゅうの捕獲にディクロニウスのナナを送り込むが……！

にゅうに敗れウィルスに感染してしまった坂東は蔵間に去勢手術を命じられるが、逆にディクロニウス研究の大家・角沢教授に裏取引をもちかけられ手術から逃れる。その角沢教授の講義に出たコウタとユカだが、一緒に連れて行ったにゅうの正体を教授に見抜かれてしまう。角沢に丸め込まれにゅうを手放すコウタとユカ。角沢は麻酔で眠らせたにゅうとの生殖行為を試みるが、予想を超える恐るべき悲劇が起こるのだった……！

角沢の死体を見たコウタはその頭ににゅうと同じ角を発見するが、彼女はすでに現場から消えていた。行方不明のにゅうを探しに出かけるユカとコウタだが、雨宿りした休憩所でただならぬ雰囲気になってしまう。時を同じくして坂東は最新式の義手を手にいれるが、去勢手術からは逃れ、一人にゅうを追う。角沢教授を殺害し研究室を逃げ出したにゅうは麻酔の後遺症で過去を思い出し始める。そして、彼女の過去にはコウタが絡んでいた！

過去を思い出したにゅうはコウタの元を出て行こうとするがコウタの優しさにふれ、再び楓荘で暮らし始める。一方、角沢長官から処分命令が出ていたナナを蔵間は研究施設から逃がしてしまう。たどりついた先で坂東と出会ったナナは共通の敵・にゅうを探すため意をともにする。そして楓荘の住人・マユと偶然出会ってしまったナナは楓荘にやってきてにゅうの気配を感じてしまうのだった！