「お待ち申し上げておりました」――高校生・香芝省吾は、突如五人の美少女にひざまずかれる。幼なじみの花梨といっしょに学校へ向かっていたはずが、ふたりとも異世界に引きずり込まれてしまったらしい！　その世界では、創世主たる神の呪いで人間が滅びつつあり、呪いを実行する「代行者」と戦えるのは、神の創造物ではない、異世界からの召喚者だけだという。突然「救世主」になってしまった省吾は、やがて戦うことを決意する。代行者に対抗できる唯一の手段<イコノクラスト>の搭乗者として……。

突然異世界に召喚され、巨大擬神機〈イコノクラスト〉で「代行者」を撃退した省吾。彼は滅びつつあった世界の救世主として、姫巫女メリニはもちろん、名も知らぬ人々からも崇められ、感謝される。その様子を見た省吾は、良くも悪くも自分が英雄になったことを実感するのだった。省吾は広大な邸宅を与えられ、そこに花梨や姫巫女たちと住むことになる。姫巫女たちの意外な面に触れたり、誘惑に揺れ動いたりする省吾に、花梨は「姫巫女と通じるのは彼女たちの氏族の権力闘争に巻き込まれることだ」と冷静に釘を刺す。一方、〈レネゲイド〉のネロ・オトルチは、〈イコノクラスト〉と救世主・省吾の存在を、省吾が救った街ラヴィゾンで大々的にお披露目する計画を立てる。

異世界に救世主として召還された高校生・省吾は巨大兵器イコノクラストの「御者」として「代行者」をなんとか倒し続ける。周りの期待に応えるべく戦闘訓練に明け暮れる省吾。しかし前回の戦闘で救うべき民衆をも巻き込んだ凄絶な戦いは、彼の心と体を想像以上にむしばんでいた。そして四体目の「代行者」の出現で新たな局面を迎える。省吾とともに異世界へと来てしまった従姉妹の花梨やメリニたち五人の姫巫女の想いが錯綜する中、省吾の異変を察知した秘密結社「レネゲイド」は恐ろしい行動に出るのだった。

今は亡き神の呪いに満ちた異世界に「救世主」として召喚された平凡な高校生・香芝省吾。しかし、救うべき民衆をも巻き込んでしまう、あまりに苛酷な戦いは彼の精神と肉体を蝕む。やがて省吾はイコノクラストへの搭乗を体が拒絶するほど疲弊する。それに追い打ちをかけるように、状況を危惧した秘密結社「レネゲイド」が省吾を御するために、従姉妹の花梨を人質に取る。絶望と猜疑の中、省吾は変貌していく。「私は……姫巫女…ショウゴ様に身を捧ぐ……姫巫女」美しい少女メリニは救世主を籠絡し手綱を握るという姫巫女の職務を全うしようと、叫び続け荒々しく変貌してしまった省吾の部屋へと向かうのだった。

神によって呪われた異世界へ「救世主」として召喚された、平凡な高校生・香芝省吾。度重なる戦闘によって疲弊した精神は、美しい姫巫女の少女・メリニと結ばれることで安らぎを得た。だが同時に、「イコノクラスト」に搭乗した際に語りかけてくる「声」に悩まされていた。破壊を囁き、省吾の意思すらも奪おうとする「声」の正体は――？　そんな中「代行者」が相次いで現れるが、直接的な破壊行動を行うことなく撤退していく。探るかのような行動をみせる「代行者」を不審に思いつつも、民衆の支持を強固なものにすべく画策するレネゲイドの指導者たち。しかし、代行者とは別の存在もまた、レネゲイドに対抗すべく行動を始めるのだった――。