非業の死を遂げた怨霊が神として祀られたもの、それを御霊という。その御霊を暴走しないように管理しているのが、この国に奈良時代から存在している影の組織「御霊部」だ。鎧武者の亡霊を鎮めた御霊部の少年・飛鳥井柊一は、長老・籠目の命を受けて安内市の五郎神社へと向かった。そこの御霊は、20年に１度祟りをなすという。神社に着いた柊一は、町全体にあやしげな気配を感じるが…？

高校生らしき男女が、夜の墓地に集まっていた。肝試しに来たのだろう。少年がひとり、墓地の中へ送り出される。彼は素早く目的を果たし、戻ろうとした。だが、彼の足もとを「奇妙な発光物体」が走り抜けて…！　――仕事で調査に来ていた飛鳥井柊一は、謎の発光物体の噂を耳にする。怨霊の類いを扱う御霊部に所属する彼は、その噂の調査を決めた。しかし、なぜか肝試しをすることになって…!?

聖霊の類を扱う御霊部に所属する飛鳥井柊一は、北山霊園に来ていた。サソリの化け物と遭遇したこの場所に、その後異変がないかを確認するためだ。とりあえず異常なしと結論づけた彼だったが、そこで不審な人影を見かける!?　一方、御霊部とは商売敵になるヤミブンに所属する楠木誠志郎は、「入らずの森」にある地下霊廟（カタコンベ）を覗きに来ていた。だが、そこで彼はある異変に気づいて…!?

安内市で起きた奇怪な事件。飛鳥井柊一は、怨霊の類いを扱う御霊部の一員とはいえ、その異常さに頭を抱えていた。しかも、調査のため滞在している五郎神社は火事で焼け、境内は惨憺たるありさま。火事の原因は商売敵（ヤミブン）にあったが、それ以外の被害も酷い。そして、街の結界が崩れた今、柊一はまだ何かが起こると考えていた。その彼に早紀子と萌が「入らずの森」に天使が出たと知らせに来て…!?

怨霊の類いを扱う御霊部の監視下に置かれ、20年ごとに注意が必要だという五郎神社。何の因果か、その年の調査を任された飛鳥井柊一は、奇怪な事件に巻き込まれていた。そして、その結果五郎神社のある安内市に張ってあった結界が消失する。結界を失い不安定になったためか、突如凄まじい揺れが街を襲った。そこで柊一は、ヤミブンの楠木誠志郎と結界の礎があった『入らずの森』へ向かうが!?