ある夏の夕、渋谷の空に赤い稲妻が走った。ある人にはそれが見え、他の人々には見えなかった。そして赤い稲妻を見た人にはさまざまな能力が生じた。主人公の鶴田貴之は並はずれた方向感覚を、彼が憧れていた高城舞は精神と肉体を分離する力を、舞が交際していた祁答院紫苑はモーッアルトに匹敵する作曲の才能を得た。
　そして赤い稲妻を見た人々の前に、かつて日本に駐屯していたアメリカ軍の兵士の亡霊が姿を現す。亡霊は赤い稲妻を見た人々を自分の配下にして多くの人を拉致し、渋谷という街を占領しようとしていた。
　光學院大学の講師である朱砂五郎は、自分の教え子たちを守るため、亡霊の正体を調べ、渋谷という土地に秘められた謎を暴こうとする。だがその最中、彼の一番弟子でもあった高城舞は嫉妬のあまり紫苑の家族を不幸にしてしまう。そんな舞を、亡霊は渋谷の地底に連れ去った。
　1994～96年に発表された「東京SHADOW」シリーズを加筆修正し配信！

　鶴田貴之は、行方不明になった高城舞をひたすら探し求めていた。彼の真剣さに心を動かされ、ゼミの友人や指導教官の朱砂も捜索活動に加わった。
　しかし舞を連れ去ったアメリカ兵の亡霊は、黄金やドラッグを餌に、赤い稲妻を見た人々を次々にとりこみ、支配する地域を広げて行く。
　亡霊にとりこまれた人々は、渋谷の地底から出現した黒い蝶の群れに監視されていた。その中に、朱砂が愛した山根佐織の妹もいた。妹は佐織を罠にかけて精神的に追い込み、絶望した佐織は瀕死の重傷を負う。
　一方、貴之の命がけの捜索活動は、警察の中にも味方を増やしていた。その人々の協力によって、舞は渋谷川の暗渠から渋谷の地底に姿を消したことがわかる。
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　渋谷の地底に姿を消した高城舞を探すため、鶴田貴之は奔走していた。そんな彼に心を動かされた葛城刑事の尽力で、２９㎞に及ぶ地下水路の捜索が行われた。だが、成果はなく、以後貴之たちが水路に入ることは禁じられる。
　一方、アメリカ兵の亡霊は、ライブハウス「ムーン」を基地として、支配地域を広げていた。そして、赤い稲妻を見たことによって音楽家としての才能を開花させた祁答院紫苑を地底に引き込もうとする。朱砂の助言によって、貴之は紫苑を救い出すことに成功する。
　貴之の行動はたくさんの人々の共感を呼び起こし、テレビ番組の撮影という名目で、地底水路の捜索隊が組織される。だが、地底に生息するメギドと呼ばれる超生物は、地下道の形まで変えて、一行を待ち受けていた。
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鶴田貴之と朱砂は、二手に分かれて渋谷の迷宮の探索を始めた。しかし、メギドの仕掛けた罠にかかり、一人また一人と仲間が倒されていく。そしてついに貴之も殺され、地底湖に落ちていった。だが、地底の水脈を流されていく貴之の亡骸を、木の根が捉えた。
古代、日本に大きな災厄をもたらしたメギドは、英雄に倒され、聖なる木によって地底に封じ込まれた。それから１５００年後の第二次大戦中、聖なる木は空襲で焼かれ、その力を失った。だが、かろうじて生き延びていた根が、英雄の血を引く貴之の存在を感じて、彼を救おうとしたのだ。
蘇った貴之は、朱砂の協力を得てメギドを倒した。だが、愛する高城舞を亡くし、米国に留学する。
そして１５年後、再び貴之を地底に誘う者が現れた。
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