大気制御プラントの暴走と戦争により、人類は滅亡の危機に瀕していた。存在の『情報』を書き換えることで、物理法則すら操る《魔法士》の少年、天樹錬は、世界にただ七つ残された閉鎖型都市《シティ》のひとつ、神戸シティに輸送される実験サンプルの奪取の依頼を受けるが、同じく魔法士の《騎士》黒沢祐一に阻まれ、フィアという少女だけを連れ帰る。それぞれに守りたい人々のため、ぶつかり合う錬と祐一。しかしフィアには、《シティ》に関する、重大な秘密が隠されていた……。

ヒマラヤ山脈上空２万メートルに浮かぶ極秘の研究施設――そこは自らの肉体を変化させて戦う特殊な魔法士《龍使い》の実験場だった。　フリーの便利屋《魔法士》ヘイズは、施設に潜入し実験データとサンプルを持ち帰るという依頼を受ける。実験体の暴走の可能性を聞かされていたヘイズは、そこに暮らす４人の少年少女の天真爛漫さにとまどいつつも、交流を深めてゆく。しかし彼らには、恐るべき秘密が隠されていた……。

《マザーシステム》暴走によるシティ・神戸崩壊から３ヶ月。北米のシティ・マサチューセッツは、簡易型の《魔法士》量産に成功した研究機関《ウィザーズ・ブレイン・ファクトリー》と軍の、奇妙な共同統治下にあった。　《ファクトリー》の《魔法士》ディーは、破壊活動を行う遠距離攻撃型魔法士《光使い》を追ううち、一人の《魔法士》と出会う。その男こそ、かつて最強と謳われた《黒衣の騎士》、黒沢祐一だった……。